Вопросы медицинской химии (ISSN 0042-8809)

Компьютерное моделирование трехмерной структуры полноразмерного цитохрома в5

   


1. НИИ Биомедицинской химии им В.Н. Ореховича РАМН
Идентификатор PubMed: 11234286
Год: 2000 том: 46  выпуск:6  страницы: 615-625
Реферат: Произведена компьютерная реконструкция трехмерной структуры полноразмерного цитохрома b5. Работа выполнена с использованием программного комплекса Sybyl 6.4 фирмы Tripos, работающего на графической станции Silicon Graphics Indigo2 (R4400, XZ). Реконструкция осуществлена путем компьютерного моделирования мембранной части цитохрома b5 с последующим соединением ее со структурой известной водорастворимой части b5 (фрагмент с 5 по 91 аминокислотный остаток - файл 3B5C в белковом банке данных PDB). Полученная структура полноразмерного цитохрома b5 была оптимизирована в бинарной системе полярного и неполярного растворителей методами молекулярной динамики и детерминированной минимизации. Молекулярная динамика была выполнена в боксе с периодически граничными условиями с шагом в 1 фс в течение 550 пс при постоянном числе частиц, давлении и температуре. Бокс содержал бинарную систему растворителей. Равновесие системы было достигнуто после 400 пс. С периодом в 5 пс выполнялась процедура минимизации энергии без остановки молекулярной динамики. В результате было получено 100 конформаций полноразмерного цитохрома b5. Величина потенциальной энергии колебалась в пределах от -2.7·104 до -4.2·104 ккал/моль. В качестве конечной конформации была выбрана та, у которой была минимальная величина потенциальной энергии. Анализ липофильной поверхности полученной модели показал, что мембранная часть белка является более гидрофобной и формирует петлевую структуру. Модель соответствует ряду известных экспериментальных данных о структуре цитохрома b5.
Загрузить PDF:
Ссылка: Иванов А.С., Скворцов В.С., Арчаков А.И., Компьютерное моделирование трехмерной структуры полноразмерного цитохрома в5, Вопросы медицинской химии, 2000, том: 46(6), 615-625.
Список литературы
 2002(Том:48)
 2001(Том:47)
 2000(Том:46)
 1999(Том:45)
 1998(Том:44)
 1997(Том:43)
 1996(Том:42)