Вопросы медицинской химии (ISSN 0042-8809)

Компьютерное конструирование лекарств на основе анализа структуры макромолекулы-мишени: i. поиск и описание места связывания лиганда в белке-мишени

   


1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В. Н. Ореховича РАМН
Идентификатор PubMed: 12243090
Год: 2002 том: 48  выпуск:3  страницы: 304-315
Реферат: Оценена возможность применения метода молекулярного докинга для нахождения места связывания лиганда в белке-мишени. В основе подхода лежит генерация гипотез об образовании белок-лигандных комплексов путем докинга трехмерной структуры низкомолекулярного лиганда к поверхности белка с последующей оценкой качества гипотез по величине площади контактирующих поверхностей и расчетной функции, характеризующей энергию образования комплекса. Процедуру докинга выполняли с помощью оригинальной компьютерной программы DockSearch, работающей как на PC Pentium, так и на компьютерах SGI. Программа генерирует и оценивает набор вероятных позиций лиганда на поверхности белка. Минимизацию энергии комплексов выполняли с помощью программного комплекса Sybyl 6.5 (Tripos Inc.) на сервере Silicon Graphics Origin200. В конечную выборку отбирались модели с наибольшей площадью контактирующих молекулярных поверхностей и величиной энергии образования комплекса. Данный подход был проверен на 26 различных белках, для которых известны структуры их комплексов с лигандами. Произведена оценка границ применимости описанного подхода. Показано, что для большинства белков-мишеней предлагаемый метод позволяет правильно найти место связывания лиганда и получить его описание с достаточной точностью для последующего поиска веществ-прототипов в базах данных структур химических соединений. В работе также проанализированы причины негативных результатов, полученных при использовании данного подхода в некоторых случаях
Загрузить PDF:
Ссылка: Иванов А.С., Дубанов А.В., Скворцов В.С., Арчаков А.И., Компьютерное конструирование лекарств на основе анализа структуры макромолекулы-мишени: i. поиск и описание места связывания лиганда в белке-мишени, Вопросы медицинской химии, 2002, том: 48(3), 304-315.
Список литературы
 2002(Том:48)
 2001(Том:47)
 2000(Том:46)
 1999(Том:45)
 1998(Том:44)
 1997(Том:43)
 1996(Том:42)