Вопросы медицинской химии (ISSN 0042-8809)

Компьютерная модель трехмерной структуры цитохрома P450 2B4

   


1. ГУНИИ Биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН
2. Astex Technology Ltd
3. The Scripps Research Institute
4. Syrrx, Inc.
Идентификатор PubMed: 12498097
Год: 2002 том: 48  выпуск:5  страницы: 526-538
Реферат: Цитохромы Р450 играют важную роль в окислительном метаболизме ксенобиотиков. Для изучения структурно-функциональных зависимостей и взаимодействий с белками-партнерами необходима информация об их трехмерной структуре. Экспериментальное определение трехмерных структур эукариотических цитохромов Р450 методом рентгеноструктурного анализа затруднено из-за наличия гидрофобного мембранного якоря и гидрофобных участков на поверхности белковой глобулы, препятствующих кристаллизации. Одним из методов решения этой проблемы может быть замена гидрофобных аминокислотных остатков на поверхности белка на гидрофильные, которые не приводят к изменению пространственной структуры и функции белка. Такие замены могут быть предложены на основе компьютерной модели трехмерной структуры белка. Данная работа посвящена компьютерному моделированию трехмерной структуры цитохрома Р450 2В4 (CYP2B4). Построенная нами модель в дальнейшем может быть использована для предсказания мутаций, направленных на гидрофилизацию поверхности белка. Моделирование трехмерной структуры CYP2B4 выполнено по гомологии с цитохромом P450 2C5. Модель была оптимизирована путем минимизации энергии и молекулярной динамики молекулы белка в водном окружении. Сопоставление полученной модели с экспериментальными данными о местах взаимодействия с субстратом и белками-партнерами и известных поверхностных аминокислотных остатках, а также проверка модели с помощью специальных программ, базирующихся на статистике стереохимических параметров пространственных структур белков, указывают на ее достоверность. Ключевые слова: цитохром Р450, молекулярное моделирование, молекулярная динамика, структура белка, компьютерное моделирование
Загрузить PDF:
Ссылка: Сеченых А.А., Дубанов А.В., Скворцов В.С., Иванов А.С., Арчаков А.И., Вильямс П., Косме Дж., Джонсон Е.Ф., Макри Д.Е., Компьютерная модель трехмерной структуры цитохрома P450 2B4, Вопросы медицинской химии, 2002, том: 48(5), 526-538.
Список литературы
 2002(Том:48)
 2001(Том:47)
 2000(Том:46)
 1999(Том:45)
 1998(Том:44)
 1997(Том:43)
 1996(Том:42)