Полноатомная компьютерная модель бислойной мембраны с МАО A

   


1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН
Тип: Экспериментальное/клиническое исследование
Идентификатор PubMed: 15628594
Год: 2004 том: 50  выпуск:5  страницы: 451-459
Реферат: В работе выполнено компьютерное моделирование фрагмента бислойной мембраны из дипальмитоилфосфатидилхолина (ДПФХ). Модель ДПФХ сконструирована на основе кристаллических структур холина и глицерофосфата с последующим достраиванием двух жирнокислотных остатков. Молекула ДПФХ была размножена и из полученных копий построена модель бислоя, содержащая 338 липидных молекул. Моделирование молекулярной динамики в водном окружении в течение 3,5 нс выполняли с оптимизированной структурой бислоя. Равновесие системы было достигнуто после 1,3 нс молекулярной динамики. Сопоставление ряда структурных параметров, рассчитанных из модели бислоя, с экспериментальными значениями показало их хорошее соответствие. С целью проверки возможности использования построенной модели бислоя для моделирования топологии мембранных белков в нее был встроен мембранный белок моноаминоксидаза А (МАО А), трехмерная структура и мембранная топология которого известны. Система, состоящая из липидного бислоя, белка и воды, оптимизирована с применением молекулярной динамики в течение 3,0 нс. Равновесная пространственная структура МАО А и её положение в мембране хорошо согласуются с кристаллической структурой этого фермента.
Загрузить PDF:
Ссылка: Смолинская Ю.Ю., Веселовский А.В., Иванов А.С., Полноатомная компьютерная модель бислойной мембраны с МАО A, Биомедицинская химия, 2004, том: 50(5), 451-459.
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)