Методы экспериментальной валидации потенциальных белков-мишеней для новых лекарственных средств

Иванов А.С.; Веселовский А.В.; Арчаков А.И.

Методы экспериментальной валидации потенциальных белков-мишеней для новых лекарственных средств

На главную

1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН

Тип: Обзор

Идентификатор PubMed: 15850214

Год: 2005 том: 51 выпуск:1 страницы: 2-18

Реферат: Обзор посвящен описанию основных существующих и разрабатываемых технологий для экспериментальной валидации потенциальных белков-мишеней, предсказанных in silico методами сравнительной геномики и биоинформатики. Так как эта проблема на настоящий момент до конца не решена, то в обзоре приведено описание широкого круга методов, пригодных для валидации потенциальных мишеней. В обзоре рассмотрены: (1) применение протеомных технологий (контроль экспрессии потенциальных белков-мишеней и их вариабельности, анализ белок-белковых взаимодействий); (2) геномные технологии в экспериментальной валидации мишеней (инактивация целевого гена, подавление транскрипции, разрушение целевой мРНК, подавление трансляции); (3) методы прямой инактивации целевого белка (моноклональные антитела, фотоинактивация белков, одноцепочечные и внутриклеточные антитела, аптамеры); (4) высокопроизводительные технологии; (5) валидация мишеней in vivo.

Загрузить PDF:

Ссылка: Иванов А.С., Веселовский А.В., Арчаков А.И., Методы экспериментальной валидации потенциальных белков-мишеней для новых лекарственных средств, Биомедицинская химия, 2005, том: 51(1), 2-18.

Список литературы

1. Lohse M.J. (1998) Trends Pharmacol. Sci , 19, 198-200. Scholar google search
2. Borchardt J. K. The Alchemist 6 December 2001, (http//ww wchemwebcom/alchem/articles/1005928853806.html). Scholar google search
3. Loew G.H.,Villar И.О., AlkortaI. (1993) Pharm. Res. 10, 475-486. Scholar google search
4. Арчаков А.И., Иванов А.С. (1996) Вестник РАМН , №1, 60-63. Scholar google search
5. Ooms F. (2000) Curr. Med. Chem., 7, 141-158. Scholar google search
6. Joseph McCarthy D. (1999) Pharmacol.Ther, 84, 179-191. Scholar google search
7. Veselovsky A.V., Ivanov A.S. (2003) Current Drug Targets-Infectious Disorders, 3, 33-40. Scholar google search
8. Searls D.B. (2000) Drug Discov. Today, 4, 135-143. Scholar google search
9. NOXXON PharmaAG, Annual Report2000, (http://217.160.75.236/noxxon/downloads/annualreports/noxxon_annualreport_2000.pdf). Scholar google search
10. Sakharkar K.R., Sakharkar M.A., ChowV.J. (2004) In Silico Bid., 4, 0028. Scholar google search
11. Allen M.J., Carey A.H. (2004) Drag Discovery Today: TARGETS, 3, 183-190. Scholar google search
12. Completely Sequenced Genomes (http://www.nslij-genetics.org/seq/). Scholar google search
13. Boguslavsky J. (2002) Drug Discovery &#038; Development, 5, 41-48. Scholar google search
14. Williams M. (2003) Curr. Opin. Pharmacol., 3, 571-577. Scholar google search
15. Дубанов А.В., Иванов А.С., Арчаков А.И. (2001) Вопр. мед. химии, 47, 353-367. Scholar google search
16. Дубанов А.В., Иванов А.С., Арчаков А.И. (2003) Аллергия, астма и клиническая иммунология, 7, 38-42. Scholar google search
17. Galperm M.Y., Koonin Е.V. (1999) Curr. Opin. Biotechnol., 10, 571-578. Scholar google search
18. Zheng X.S., Chan Т.Е., Zhou H.H. (2004) Chem. Biol., 11, 609-61. Scholar google search
19. Lau А.T., He Q.Y., Chiu J.E. (2003) Acta Biochim. Biophys. Sin., 35, 965-975. Scholar google search
20. Walgren J.L., Thompson D.C. (2004) Toxicol. Lett., 149, 377-385. Scholar google search
21. Cooper R.A., Carucci D.J. (2004) Curr. Drug TargetsInfect. Disord., 4, 41-51. Scholar google search
22. Flory M.R., Aebersold R. (2003) Prog. Cell. Cycle Res, 5, 167-171. Scholar google search
23. Lopez M.E. (1998) Am. Clin. Lab, 17, 16-18. Scholar google search
24. Archakov A.I., Govorun V.M., Dubanov A.V., Ivanov Y.D., Veselovsky A.V., Lewi P., Janssen P. (2003) Proteomics, 3, 380-391. Scholar google search
25. Veselovsky A.V., Ivanov Yu.D., Ivanov A.S., Archakov A.I., Lewi P., Janssen P. (2002) J. Mol. Recognit., IS, 405-422. Scholar google search
26. Jones S., Thornton J.M. (1995) Prog. Biophys. Mol. Biol., 63, 31-65. Scholar google search
27. Wilkinson K.D. (2004) Methods Mol. Biol., 261, 15-32. Scholar google search
28. Nedelkov D., Nelson R.W. (2003) J. Mol. Recognit, 16, 9-14. Scholar google search
29. Strosberg A.D. (2002) Curr. Opin. Mol. Ther, 4, 594-600. Scholar google search
30. Pillutla R.C., Goldstein N.I., Blume A.J., Fisher P.B. (2002) Expert Opin. Ther. Targets, 6, 517-531. Scholar google search
31. Butcher S.P. (2003) Neurochem. Res, 28, 367-371. Scholar google search
32. Cowman A.E., Crabb B.S. (2003) Trends Parasitol, 19, 538-543. Scholar google search
33. Sheppard D. (1994) Am. J. Respir. Cell. Mol. Biol., 11, 1-6. Scholar google search
34. Homanics G.E., Quinlan J.J., Mihalek R., Firestone L.L. (1998) Toxicol. Lett, 100-101, 301-307. Scholar google search
35. Luscombe N.M., Austin S.E., Berman H.M., Thornton J.M. (2000) Genome Biology, 1 , reviews 001.l-001.10. Scholar google search
36. Jacobs G.H. (1992) EMBOJ , 11, 4507-4517. Scholar google search
37. Pavleiich N.P., Pabo C.O. (1991) Science, 252, 809-817. Scholar google search
38. Suzuki M., Gerstein M.B., Yagi N. (1994) Nucleic Acids Res., 22, 3397-3405. Scholar google search
39. Cech T.R. (1992) Curr. Opin. Struct. Biol, 2, 605-609. Scholar google search
40. Breaker R.R. (1997) Chem. Rev, 97, 371-390. Scholar google search
41. Usman N., Beigelman L., McSwiggen J.A. (1996) Curr. Opin. Struct. Biol, 6, 527-533. Scholar google search
42. Uhlenbeck O.C. (1987) Nature, 328, 596-600. Scholar google search
43. Jarvis T.C., Bouhana K.S., Lesch M.E., Brown S.A., Parry T.J., Schrier D.J., Hunt S.W., Pavco P.A., Flory C.M. (2000) J. Immunol, 165, 493-498. Scholar google search
44. Goodchild J. (2002) Expert Opin. Ther. Targets, 6, 235-247. Scholar google search
45. Lehner В., Fraser A.G., Sanderson C.M. (2004) Brief Funct. Genomic Proteomic, 3, 68-83. Scholar google search
46. Jain K.K. (2004) Drug Discov. Today, 9, 307-309. Scholar google search
47. Henning S.W., Beste G. (2002) Curr. Drug Discov, N5, 17-21. Scholar google search
48. Elbashir S.M., Harborth J., Weber K., Tuschl T. (2002) Methods, 26, 199-213. Scholar google search
49. Klein I.I. (2000) Drug Discov. Today, 5, 37-38. Scholar google search
50. Maeda I., Kohara Y., Yamamoto M., Sugimoto A. (2001) Curr. Biol., 11, 171-176. Scholar google search
51. Hag L.L., Ng J.H., Beste G., Henning S.W. (2002) Drug Discov. Today, 7, S136-S142. Scholar google search
52. Xin H., Bernal A., Amato F.A., Pinhasov A., Kauffman J., Brenneman D.E., Deriart C.K., Andrade-Gordon P., Plata-Salaman C.R., Ilyin S.E. (2004) J. Biomol. Screen., 9, 286-293. Scholar google search
53. Baker B.F., Monia B.P. (1999) Biochim. Biophys. Acta, 1489, 3-18. Scholar google search
54. lnouye M. (1988) Gene, 72, 25-34. Scholar google search
55. Ravichandran L.V., Dean N.M., Marcusson E.G. (2004) Oligonucleotides, 14, 49-64. Scholar google search
56. Ji Y., Yin D., Fox В., Holmes D.J., Payne D., Rosenberg M. (2004) FEMS Microbiol. Lett., 231, 177-184. Scholar google search
57. Lavery K.S., King Т.Н. (2003) Curr. Opin. Drug Discov. Devel., 6, 561-569. Scholar google search
58. Taylor M.F. (2001) Expert Opin. Ther. Targets, 5, 297-301. Scholar google search
59. Dean N.M. (2001) Curr. Opin. Biotechnol. , 12, 622-625. Scholar google search
60. Koller E., Gaarde W.A., Monia B.P. (2000) Trends Pharmacol. Sci., 21, 142-148. Scholar google search
61. Bennett C.F., Cowsert L.M. (1999) Curr. Opin. Mol. Ther., 1 , 359-371. Scholar google search
62. Ho S.P., Hartig P.R. (1999) Curr. Opin. Mol. Ther, 1 , 336-343. Scholar google search
63. Taylor M.F., Wiederholt K., Sverdrup F. (1999) Drug Discov Today, 4, 562-567. Scholar google search
64. RNA Lassos(http://www.somagenicscom/platform.html) . Scholar google search
65. Pellestor F., Panlasova P. (2004) Int. J. Mol. Med., 13, 521-525. Scholar google search
66. Gamban R. (2001) Curr. Pharm. Des., 7, 1839-1862. Scholar google search
67. Demidov V.V. (2002) Drug Discov. Today, 7, 153-155. Scholar google search
68. Ganesh K.N., Nielsen P.E. (2000) Curr. Org. Chera, 4, 916-928. Scholar google search
69. Winters Т.А. (2000) Curr. Opin. Mol. Ther, 2, 670-681. Scholar google search
70. Nielsen P.E. (2000) Curr. OpinMol. Ther, 2, 282-287. Scholar google search
71. Demidov V.V., Frank-Kamenetskii M.D. (2001) Methods, 23, 108-122. Scholar google search
72. Ray A., Norden B. (2000) FASEB J., 14, 1041-1060. Scholar google search
73. Urtishak K.A., Choob M., Tian X., Sternheim N., Talbot W.S., Wickstrom E., Farber S.A. (2003) Dev. Dyn., 228, 405-413. Scholar google search
74. Banker D.D. (2001) Indian J. Med. Sci., 55, 651-654. Scholar google search
75. Peel N.P. (2003) Drug Discov. Today: TARGETS, 2, 125-127. Scholar google search
76. Liao J.C., Roider J., Jay D.G. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91, 2659-2663. Scholar google search
77. Jay D.G. (1988) Proc Natl. Acad. Sci. USA, 85, 5454-5458. Scholar google search
78. Niewohner J., Rubenwolf S., Meyer E., Rudert F. (2001) American Genomic/Proteomic Technology, July/August, AG/PT 33. Scholar google search
79. Eustace B.K., Jay D.G. (2003) Methods Enzymol, 360, 649-66. Scholar google search
80. Beck S., Sakurai T., Eustace B.K., Beste G., Schier R., Rudert F., Jay D.G. (2002) Proteomics, 2, 247-255. Scholar google search
81. Bradbury A. (2003) Drug Discov. Today, 8, 737-739. Scholar google search
82. Chowdhury P.S., Vasmatzis G. (2003) Methods Mol. Bid., 207, 237-254. Scholar google search
83. van Wyngaardt W., Malatji Т., Mashau C., Fehrsen J., Jordaan F., Miltiadou D., du Plessis D.H. (2004) BMC Biotechnology, 4, 6. Scholar google search
84. Toleikis L., Broders O., Dubel S. (2004) Methods Mol. Med., 94, 447-458. Scholar google search
85. Tanaka T., Lobato M.N., Rabbitts Т.Н. (2003) J. Mol. Biol, 331, 1109-1120. Scholar google search
86. Donim M., Morea V., Desiderio A., Pashkoulov D., Villani M.E., Tramontane A., Benvenuto E. (2003) J Mol. Biol., 330, 323-332. Scholar google search
87. Cohen P.A. (2002) Methods Mol. Biol., 178, 367-378. Scholar google search
88. Marasco W.A. (1997) Gene Ther, 4, 11-15. Scholar google search
89. Mundt K.E. (2001) Eur Pharmaceutical Contractor, Winter 2001 issue, Samedan Ltd Tech. ed., 1/10/02, 1-5. Scholar google search
90. Rimmele M. (2003) Chembiochem., 4, 963-971. Scholar google search
91. Burgstaller P., Girod A., Blind M. (2002) Drug Discov Today, 7, 1221-1228. Scholar google search
92. Toulme J.J., Di Primo C., Boucard D. (2004) FEBS Lett., 567, 55-62. Scholar google search
93. Ulrich H., Martins A.H., Pesquero J.B. (2004) Cytometry, 59A, 220-231. Scholar google search
94. Burgstaller P., Jennc A., Blind M. (2002) Curr Opin Drug Discov. Devel., 5, 690-700. Scholar google search
95. Kubmyi H. (2002) Drug Discov. Today, 7, 707-709. Scholar google search
96. Hardy L.W., Peel N.P. (2004) Drug Discov. Today, 9, 117-126. Scholar google search
97. Hook P.K., Yan L., Szalma S. (2003) Drug Discovery Today: TARGETS, 2, 217-223. Scholar google search
98. Harris S. (2001) Drug Discov Today, 6, 628-636. Scholar google search
99. Simhaldi R. (2004) Drug Discov. World, 5, 37-43. Scholar google search
100. Sundberg S.A., Chow A., Nikiforov T., Wada H.G. (2000) Drug Discov. Today, 5, 92-103. Scholar google search
101. Hurts C., Muellner S., Merer H.E., Cahill D.J. (2002) Drug. Discov. Today, 7, S119-SI24. Scholar google search
102. Barsky V., Perov A., Tokalov S., Chudinov A., Kreindlin E., Sharonov A., Kotova E., Mirzabekov A. (2002) J. Biomol Screen., 7, 247-257. Scholar google search
103. Ritbina A.Y., Demcnlieva E.I., Stomakhin A.A., Darii E.L., Pan&#039;kov S.V., Barsky V.E., Ivanov S.M., Konovalova E.V., Mirzabekov A.D. (2003) Biotechniques, 34, 1008-1022. Scholar google search
104. Matthews D., Kopezynski J. (2001) Drug Discov. Today, 6, 141-149. Scholar google search
105. Feany M.B. (2000) J. Neuropathol. Exp. Neurol., 59, 847-856. Scholar google search
106. Feany M.B., Bender W.W. (2000) Nature, 404(6776) , 394-398. Scholar google search
107. O&#039;Kane C.J. (2003) Semin. Cell. Dev. Biol., 14, 3-10. Scholar google search
108. Amatruda J.F., Shepard J.L., Stern H.M., Zon L.I. (2002) Cancer Cell, 1 , 229-231. Scholar google search
109. Shin J.Т., Fishman M.C. (2002) Ann. Rev. Genomics Hum. Genet, 3, 311-340. Scholar google search
110. Berman J., Hsu K., Look A.T. (2003) Br. J. Haematol., 123, 568-57. Scholar google search
111. Tomasiewicz H.G., Flaherty D.В., Soria J.P., Wood J.G. (2002) J. Neurosci. Res., 70, 734-745. Scholar google search
112. Tornell J., Smith M. (2002) Drug Discov. Today, 7, 461-470. Scholar google search
113. Ahum A., Holt K.H., Platl K.A., Sands А.Т., Zambrowicz B.P. (2002) Trends Biotechnol, 20, 36-42. Scholar google search
114. Russ A., Stiunm G., Augitstm M., Sedlmeir R., Wattier S., Nehls M. (2002) Drug Discov. Today, 7, 1175-1183. Scholar google search
115. Zambrowicz B.P., Sands A.T. (2004) Drug Discov. Today. TARGETS, 3, 198-207. Scholar google search
116. RubinsteinA.L. (2003) Curr.Opin.DrugDiscov.Devel., 6, 218-223. Scholar google search
117. SumanasS, LinS. (2004) Drug Discov. Today:TARGETS, 3, 89-96. Scholar google search
118. Huffier P., Granato M., Brand M., Mullins M.C., Hammerschnndt M., Kane D.A.,Odenthal L., van Eeden F.J., Jiang Y.J., Heisenberg С.Р., Kelsh R.N., Furutani-Seiki M., Vogelsang E., Beuchle D., Schach U., Fabian C., Nuss/ein-lb/hardC. (1996) Development., 123, 1-3. Scholar google search
119. Haffter P., Nusslem-Volhard C. (1996) Int. J. Dev. Biol., 40, 221-22. Scholar google search
120. Wargehus A., Ehngsen S., Fjose A. (1999) Biochem. Biophys Res Commun, 263, 156-61. Scholar google search
121. Li Y.X., Farrell M.J., Liu R., Mohanty N., Kirby M.L. (2000) Dev. Biol. 217, 394-405. Scholar google search
122. Zhao Z., Cao X. , Li M., Meng A. (2001) Dev. Biol, 229, 215-223. Scholar google search
123. Dodd A., Chambers S.P., Love D.R. (2004) FEBS Lett., 561, 89-93. Scholar google search
124. Sommer R.J. (2000) Curr. Biol., 10, R879-881. Scholar google search
125. Sternbeig P.W., Han M. (1998) Trends Genet., 14, 466-472. Scholar google search
126. Lee J. , Nam S., Hwang S.B., Hong M., Kwon J.Y., Joetig K.S., Im S.H., Shim J., Park M.C. (2004) J Biochem. Mol. Biol., 37, 107-113. Scholar google search
127. Jorgensen Е.М., Mango S.E. (2002) Nat. Rev. Genet., 3, 356-69. Scholar google search
128. Fire A., Xu S., Montgomery M.K., Kostas S.A., Driver S.E., Mello C.C. (1998) Nature, 391, 806-811. Scholar google search
129. Wassarman D.A., Therrien M., Rubin G.M. (1995) Curr. Opin. Genet Dev, 5, 44-50. Scholar google search
130. Adams M.D., Sekelsky J.J. (2002) Nat. Rev. Genet., 3, 189-198. Scholar google search
131. St Johnston D. (2002) Nat. Rev. Genet., 3, 176-188. Scholar google search
132. Jackson L.K., Phillips M.A. (2002) Curr. Top. Med. Chem., 2, 425-438. Scholar google search
133. VITA (Validation In Vivo of Targets and Assays for Antiinfectives) technology. (http://www.cubist.com/ar2000text/discovery.html) . Scholar google search
134. Chopra I. (2000) Microbiol. Today, 27, 4-6. Scholar google search
135. Doan T.N., Eilertson C.D., Rubinstein A.L. (2004) Drug Discov. Today:TARGETS, 3, 191-197. Scholar google search
136. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne R.E. (2000) Nucleic Acids Res., 28, 235-242 (http&#039;//ww wrcsb.org/pdb) . Scholar google search
137. Kim C.A., Berg J.M. (1996) Nat. Struct. Biol, 3, 940-945. Scholar google search
138. Convery M.A., Rowsell S., Stonehouse N.J., Ellington A.D., Hirao I., Murray J.B., Peabocfy D.S., Phillips S.E., Stockley P.G. (1998) Nat. Struct. Biol., 5, 133-139. Scholar google search

2011(Том:57)
2010(Том:56)
2009(Том:55)
2008(Том:54)
2007(Том:53)
2006(Том:52)
2005(Том:51)

Выпуск:6
Выпуск:5
Выпуск:4
Выпуск:3
Выпуск:2
Выпуск:1

2004(Том:50)
2003(Том:49)

Журнал "Биомедицинская химия" Создан в 1955 году

ISSN 2310-6905 (online версия), ISSN 2310-6972 (печатная версия)

Nav view search

Навигация

Искать

FaLang Language Switcher

Методы экспериментальной валидации потенциальных белков-мишеней для новых лекарственных средств

Журнал "Биомедицинская химия" Создан в 1955 году ISSN 2310-6905 (online версия), ISSN 2310-6972 (печатная версия)

Nav view search

Навигация

Войти в личный кабинет

Искать

FaLang Language Switcher

Методы экспериментальной валидации потенциальных белков-мишеней для новых лекарственных средств

Журнал "Биомедицинская химия" Создан в 1955 году

ISSN 2310-6905 (online версия), ISSN 2310-6972 (печатная версия)