Исследование взаимодействия цитохромов B5 с P450сам с помощью метода оптического биосенсора и компьютерного моделирования

   


1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича РАМН
2. Institut de Biologie Physico Chimique
Тип: Экспериментальное/клиническое исследование
УДК:       Идентификатор PubMed: 16342666
Год: 2005 том: 51  выпуск:5  страницы: 501-512
Реферат: С помощью оптического биосенсора исследовано в режиме реального времени образование и распад комплексов цитохрома Р450саm (Р450саm) с полноразмерным цитохромом Ь5 (d-b5) и его трипсиновым водорастворимым фрагментом (t-b5). Показано, что t-b5 может образовывать комплекс с Р450саm, в то время как d-b5 комплексов с Р450саm не образует. Показано участие аминогрупп Р450саm в комплексообразовании с t-b5. Измерена температурная зависимость образования комплексов t-b5im/P450cam в диапазоне 15-40°С. Константа скорости образования (kon) комплексов t-b5/P450cam растет с ростом температуры, а константа скорости распада комплексов не меняется. Сделан вывод о том, что гидрофобные взаимодействия играют ведущую роль в комплексе образовании на стадии их образования, а электростатические взаимодействия вносят существенный вклад в стабилизацию комплексов. Из полученных температурных зависимостей рассчитаны энергии активации реакций образования и распада комплексов, энтальпия и энтропия комплексообразования. Показан решающий вклад энтропийной составляющей в реакцию комплексообразования. Выполнено компьютерное моделирование белок-белковых взаимодействий в системах P450cam/t-b5 и P450cam/ d-b5. С помощью метода молекулярного докинга получены гипотезы белок-белковых комплексов и отобраны лучшие с точки зрения геометрической комплиментарное™, расчетной энергии взаимодействия и вероятности переноса электронов между белками. Компьютерное молекулярное моделирование показало, что стабильный комплекс может образовываться только в случае пары P450cam/t-b5, но не P450cam/d-b5. Согласно этим расчетам в образовании виртуального комплекса участвуют следующие аминокислотные остатки Р450саm: Q69, R72, Е73, Е76, R79, Н80, Р106, Q108, R109, R112, А113, N116, Q117, М121, Р122, D125, А283, Y305, R330, Q343, К344, Н347, Н352, G353, S354, L356, Q360, Н361, R364. Результаты моделирования хорошо согласуются с экспериментальными данными, полученными с помощью оптического биосенсора
Загрузить PDF:
Ссылка: Раченкова Н.И., Иванов Ю.Д., Скворцов В.С., Иванов А.С., Мольнар А.А., Уи Бон Уа Г., Арчаков А.И., Исследование взаимодействия цитохромов B5 с P450сам с помощью метода оптического биосенсора и компьютерного моделирования, Биомедицинская химия, 2005, том: 51(5), 501-512.
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)