Сравнение алгоритмов предсказаний взаимосвязанных белков на примере метода филогенетических профилей

   


1. НИИ Биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН
Тип: Экспериментальное/клиническое исследование
УДК: 543.51.061:543.54.45:543.8      Идентификатор PubMed: 20017387
Год: 2009 том: 55  выпуск:5  страницы: 534-543
Реферат: Задача вычислительной интерактомики заключается в предсказании функциональных взаимосвязей между белками. Одним из подходов к решению этой задачи средствами сравнительной геномики является анализ сходства филогенетических профилей белков. В отличие от большинства предложенных методов, позволяющих выявлять попарные взаимодействия, в работе рассматривается применение кластерного анализа для определения функциональных модулей, состоящих из нескольких белков. Проведен кластерный анализ филогенетических профилей белков E. coli с использованием нескольких методов кластерного анализа и различных способов оценки расстояния между профилями. Показано, что при оценке расстояния между профилями по формуле Хэмминга и кластеризации методом Уорда состав кластеров в наибольшей степени отвечает распределению белков по известным метаболическим путям. Предложенную методику оценки точности результатов предсказания взаимосвязанных белков предлагается применять для сопоставления различных алгоритмов вычислительной интерактомики.
Загрузить PDF:
Ссылка: Пятницкий М.А., Лисица А.В., Арчаков А.И., Сравнение алгоритмов предсказаний взаимосвязанных белков на примере метода филогенетических профилей, Биомедицинская химия, 2009, том: 55(5), 534-543.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750810010063
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)