Гетеродимерные фотоаптамерные конструкции как новый подход к повышению эффективности формирования фотосшивок с белком-мишенью

   


1. Учреждение Российской академии медицинских наук Научно-исследовательский институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН
Тип: Экспериментальное/клиническое исследование
DOI: 10.18097/pbmc20105601072      УДК: 577.113.6      Идентификатор PubMed: 21328912
Год: 2010 том: 56  выпуск:1  страницы: 72-81
Реферат: На модели ДНК-аптамеров, селективно узнающих анион-связывающие экзосайты 1 и 2 тромбина показано, что их объединение в гетеродимерные аптамерные конструкции с помощью поли-(dT)-линкера длиной от 5 до 65 нуклеотидов (нт) приводит к усилению аффинности. При длинах линкера от 35 до 55 нт, значения кажущейся константы диссоциации, Kdapp, комплексов тромбина с гетеродимерными конструкциями, измеренные на оптическом биосенсоре Biacore-3000, достигали минимума (Kdapp =0,2-0,4 нМ) и были приблизительно в 30 раз меньше, чем для исходных аптамеров. Гетеродимерную фотоаптамерную конструкцию получали, соединяя фотоаптамерную и аптамерную последовательности с помощью поли-(dT)-линкера длиной 35 нт. Использовали фотоаптамер, способный к фотоиндуцированному ковалентному связыванию с экзосайтом 2 тромбина и аптамер, узнающий экзосайт 1. Значение Kdapp такой конструкции было приблизительно в 40 раз меньше, чем для фотоаптамера (5,3 и 190 нМ, соответственно). При облучении ультрафиолетовым излучением с длиной волны 308 нм эквимолярных смесей тромбина с гетеродимерной фотоаптамерной конструкцией, одинаковый выход необратимых комплексов достигался при значениях концентраций, которые были на два порядка ниже, чем в случае исходного фотоаптамера. Выявлено, что наряду с процессом образования необратимых комплексов с тромбином происходит фотоиндуцированная инактивация фотоаптамера, предположительно за счёт формирования внутримолекулярных сшивок.
Загрузить PDF:
Ссылка: Рахметова С.Ю., Радько С.П., Гнеденко О.В., Бодоев Н.В., Иванов А.С., Арчаков А.И., Гетеродимерные фотоаптамерные конструкции как новый подход к повышению эффективности формирования фотосшивок с белком-мишенью, Биомедицинская химия, 2010, том: 56(1), 72-81.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750810010099
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)