1. ГУ "Институт микробиологии и иммунологии им. И.И. Мечникова АМН Украины"; Национальный научный центр "Институт экспериментальной и клинической ветеринарной медицины 2. Институт химии поверхности им. А.А.Чуйко НАН Украины 3. ФГУН Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии 4. ГУ "Институт микробиологии и иммунологии им. И.И. Мечникова АМН Украины"
Реферат: Для детекции точечных мутаций в кодоне 315 гена katG микобактерий туберкулеза (МБТ), ассоциированных с резистентностью к противотуберкулезному препарату первого ряда изониазиду (ИЗН), использовали стандартную полимеразную цепную реакцию (ПЦР) с праймерами, содержащими LNA-модифицированные нуклеотиды (LNA - locked nucleic acid, или замкнутая нуклеиновая кислота). Чистота и строение праймеров, содержащих 5 LNA-мономеров, длиной 17 нуклеотидов охарактеризованы времяпролетной масс-спектрометрией с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (МАЛДИ-TOF), а 17-мерный дуплекс, образованный двумя комплементарными олигонуклеотидами, - методом термической денатурации. Дуплекс, содержащий по пять LNA-мономеров в каждой нити, имеет гораздо более высокую температуру плавления, чем это следует из экстраполяции данных теоретических расчетов для модификации нуклеотидов одной нити дуплекса. Важным преимуществом олигонуклеотидов с LNA-мономерами по сравнению с немодифицированными является то, что для определения наличия любого из шести возможных вариантов мутаций в кодоне 315 гена katG, т.е. дифференциации чувствительных и резистентных МБТ к изониазиду, достаточной является постановка одной реакции с набором из двух праймеров с использованием одного LNA-модифицированного праймера в отличие от варианта мультиплексной ПЦР, для проведения которой понадобилось бы до 12 праймеров. Обсуждаются вопросы контроля степени модификации олигонуклеотидов LNA-мономерами.
2. Lipin M., Stepanshina V., Shemyakin I., Shinnick T. (2007) Clin. Microbiol. Infect., 13, 620-626. . Scholar google search
3. Исакова Ж.Т., Гончарова З.К., Алдашев А.А. (2008) Проблемы туберкулёза и болезней лёгких, 11, 39-42. . Scholar google search
4. Mokrousov I., Otten T., Filipenko M., Vyazovaya A., Chrapov E., Limeschenko E., Steklova L., Vyshnevskiy B., Narvskaya O. (2002) J. Clin. Microbiol., 40, 2509-2512. . Scholar google search
5. Wu X., Lu Y., Zhang J., Ding B. (2006) Chin. Med. J., 119(3), 230-233. . Scholar google search