Характеризация олигонуклеотидов с LNA-мономерами для ПЦР-детекции точечных мутаций в геноме микобактерий туберкулеза

   


1. ГУ "Институт микробиологии и иммунологии им. И.И. Мечникова АМН Украины"; Национальный научный центр "Институт экспериментальной и клинической ветеринарной медицины
2. Институт химии поверхности им. А.А.Чуйко НАН Украины
3. ФГУН Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
4. ГУ "Институт микробиологии и иммунологии им. И.И. Мечникова АМН Украины"
Тип: Экспериментальное/клиническое исследование
DOI: 10.18097/pbmc20125802199      УДК: 579:579.873.2:615.015.8      Идентификатор PubMed: 22724359
Год: 2012 том: 58  выпуск:2  страницы: 199-210
Реферат: Для детекции точечных мутаций в кодоне 315 гена katG микобактерий туберкулеза (МБТ), ассоциированных с резистентностью к противотуберкулезному препарату первого ряда изониазиду (ИЗН), использовали стандартную полимеразную цепную реакцию (ПЦР) с праймерами, содержащими LNA-модифицированные нуклеотиды (LNA - locked nucleic acid, или замкнутая нуклеиновая кислота). Чистота и строение праймеров, содержащих 5 LNA-мономеров, длиной 17 нуклеотидов охарактеризованы времяпролетной масс-спектрометрией с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (МАЛДИ-TOF), а 17-мерный дуплекс, образованный двумя комплементарными олигонуклеотидами, - методом термической денатурации. Дуплекс, содержащий по пять LNA-мономеров в каждой нити, имеет гораздо более высокую температуру плавления, чем это следует из экстраполяции данных теоретических расчетов для модификации нуклеотидов одной нити дуплекса. Важным преимуществом олигонуклеотидов с LNA-мономерами по сравнению с немодифицированными является то, что для определения наличия любого из шести возможных вариантов мутаций в кодоне 315 гена katG, т.е. дифференциации чувствительных и резистентных МБТ к изониазиду, достаточной является постановка одной реакции с набором из двух праймеров с использованием одного LNA-модифицированного праймера в отличие от варианта мультиплексной ПЦР, для проведения которой понадобилось бы до 12 праймеров. Обсуждаются вопросы контроля степени модификации олигонуклеотидов LNA-мономерами.
Загрузить PDF:
Ссылка: Лиманская O.Ю., Фесенко Т.В., Покровский В.А., Мухина Т.Н., Степаншина В.Н., Шемякин И.Г., Лиманский А.П., Характеризация олигонуклеотидов с LNA-мономерами для ПЦР-детекции точечных мутаций в геноме микобактерий туберкулеза, Биомедицинская химия, 2012, том: 58(2), 199-210.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750811020089
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)