Химический необратимый фишинг низкокопийных белков 1. Федеральное государственное бюджетное учреждение “Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н.Ореховича” Российской академии медицинских наук2. НИЦ “Курчатовский институт”3. Объединенный институт высоких температур РАНТип: Биоинформатика/Протеомика DOI: 10.18097/pbmc20146001028 УДК: 577.1 Идентификатор PubMed: 24749246 Год: 2014 том: 60 выпуск :1 страницы: 28-50Реферат: На основе атомно-силовой микроскопии (АСМ) разработан метод необратимого химического АСМ-фишинга (AСM-НФ ) для детекции белков в сверхнизких концентрациях в растворе. Используя этот метод, в растворе зарегистрирован белок пероксидаза хрена (HRP) c концентрацией 10 17 M. Предложена теоретическая модель, которая позволяет описать полученные экспериментальные данные. Эта модель учитывает доставку белка из объема измерительной кюветы на поверхность АСМ-чипа и его необратимое связывание в зоне активации.Загрузить PDF: Ссылка: Иванов Ю.Д., Даничев В.В., Плешакова Т.О., Шумов И.Д., Зиборов В.С., Крохин Н.В., Загуменный М.Н., Устинов В.С., Смирнов Л.П., Широнин А.В., Арчаков А.И., Химический необратимый фишинг низкокопийных белков, Биомедицинская химия, 2014, том: 60(1), 28-50.Переводная версия в журнале 10.1134/S1990750813010071
Список литературы
Открыть 1. Myszka D.G., He X., Dembo M., Morton Th.A., Goldstein B. (1998) Biophys. J., 75, 583-594. Scholar google search 2. Schuck P. (1996) Biophys. J., 70, 1230-1249. Scholar google search 3. Goyal D.K., Subramanian A. (2010) Thin Solid Films, 518, 2186-2193. Scholar google search 4. Zubtsov D.A., Savvateeva E.N., Rubina A.Yu., Pun`kov S.V., Konovalova E.V., Moiseeva O.V., Chechetkin V.R., Zasedatelev A.S. (2007) Anal. Biochem., 368, 205-213. Scholar google search 5. Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Eldarov M.A., Skryabin K.G., Lehnerer M., Schulze J., Hlavica P., Archakov A.I. (1997) Biochem. Mol. Biol. Int., 42, 731-737. Scholar google search 6. Archakov A.I., Ivanov Yu.D. (1998) in: Biophysics of Electron Transfer and Molecular Bioelectronics. Plenum Press, USA, 173-196. Scholar google search 7. Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Kuznetsov V.Yu., Lehnerer M., Schulze J., Hlavica P., Archakov A.I. (1999) Arch. Biochem. Biophys., 362(1), 87-93. Scholar google search 8. Ivanov Yu.D., Usanov S.A., Archakov A.I. (1999) Biochem. Mol. Biol. Int., 47, 327-336. Scholar google search 9. Koval V.V., Gnedenko O.V., Ivanov Yu.D., Fedorova O.S., Archakov A.I., Knorre D.G. (1999) IUBMB LIFE, 48, 317-320. Scholar google search 10. Морозов С.Г., Иванов Ю.Д., Учайкин В.Ф., Каражас Н.В., Вахрушина С.В., Гнеденко О.В., Конев В.А., Ковалев О.Б., Арчаков А.И. (1999) Аллергия, астма и клиническая иммунология, 9, 187-189. Scholar google search 11. Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Archakov A.I. (2000) Biochem. Biophys. Res. Commun., 273, 750-752. Scholar google search 12. Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Karuzina I.P, Archakov A.I., Hui Bon Hoa G., Sligar S.G. (2001) J. of Inorg. Biochem., 391, 255-264. Scholar google search 13. Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Karuzina I.P, Usanov S.A., Hui Bon Hoa G., Sligar S.G., Archakov A.I. (2001) J. of Inorg. Biochem., 87, 175-184. Scholar google search 14. Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Gnedenko O.V., Pozdnev V.F., Shumyantseva V.V., Samenkova N.F., Kuznetsova G.P., Tereza A.M., Schmid R.D., Archakov A.I. (2001) J. Mol. Recognit., 14, 185-196. CrossRef Scholar google search 15. Семенова Н.В., Иванов Ю.Д., Гнеденко О.В., Конев В.А., Ковалев О.Б., Учайкин В.Ф., Морозов С.Г., Арчаков А.И. (2001) Новости науки и техники. Аллергия, астма и клиническая иммунология, 1, 183-185. Scholar google search 16. Иванов Ю.Д., Гнеденко О.В., Конев В.А., Ковалев О.Б., Николаева Л.И., Семенова Н.В., Учайкин В.Ф., Арчаков А.И. (2001) Вопр. мед. химии, 47, 419-425. Scholar google search 17. Иванов Ю.Д., Панова Н.Г., Гнеденко О.В., Бунеева О.А,, Медведев А.Е., Арчаков А.И. (2002) Вопр. мед. химии, 48, 73-83. Scholar google search 18. Дмитриев Д.А,, Массино Ю.С., Сегал О.Л., Смирнова М.Б., Павлова Е.В., Коляскина Г.И., Гуревич К.Г., Гнеденко О.В., Иванов Ю.Д., Арчаков А.И. Осипов А.П., Дмитриев А.Д., Егоров А.М. (2002) Биохимия, 67, 1643-1654. Scholar google search 19. Dmitriev D.A., Massino Y.S., Segal O.L., Smirnova M.B., Pavlova E.V., Gurevich K.G., Gnedenko O.V., Ivanov Y.D., Kolyaskina G.I., Archakov A.I., Osipov A.P., Dmitriev A.D., Egorov A.M. (2002) J. Immunol. Methods, 261, 103-118. CrossRef Scholar google search 20. Иванов Ю.Д., Гнеденко О.В., Николаева Л.И., Конев В.А., Ковалев О.Б., Учайкин В.Ф., Говорун В.М., Покровский В.И., Арчаков А.И. (2003) Журн. Микробиол., №2, 58-62. Scholar google search 21. Momynaliev K.T., Govorun V.M., Gnedenko O.V., Ivanov Yu.D., Archakov A.I. (2003) J. Mol. Recognit., 16, 1-8. Scholar google search 22. Раченкова Н.И., Иванов Ю.Д., Скворцов В.С., Иванов А.С., Молнар А.А., Уи Бон Уа Г., Арчаков А.И. (2005) Биомед. химия, 51, 501-512. Scholar google search 23. Раченкова Н.И., Иванов Ю.Д., Молнар А.А., Арчаков А.И. (2005) Биомед. химия, 51(6), 617-623. Scholar google search 24. Иванов Ю.Д., Иванов А.В., Петушкова Н.А., Гара О.Г., Кузнецов В.Ю., Подоплелов А.В., Арчаков А.И. (2008) Биомед. химия, 54, 435-444. Scholar google search 25. Ivanov Yu.D., Govorun V.M., Bykov V.A., Archakov A.I. (2006) Proteomics, 6, 1399-1414. CrossRef Scholar google search 26. Gaster R.S., Xu L., Han S.-J., Wilson R.J., Hall D.A., Osterfeld S.J., Yu H., Wang S.X. (2011) Nat. Nanotechnol., 6, 314-320. Scholar google search 27. Archakov A.I., Ivanov Y.D., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. (2007) Proteomics, 7, 4-9. CrossRef Scholar google search 28. Archakov A.I., Ivanov Y.D., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. (2009) Proteomics, 9, 1326-1343. CrossRef Scholar google search 29. Snyder M. (2011) Encode the Human Parts List, in: HUPO 2011 – 10th World Congress. HPP Plenary Session. Scholar google search 30. Иванов Ю.Д., Учайкин В.Ф., Плешакова Т.О., Французов П.А., Светлов С.К., Конев В.А., Ковалев О.Б., Ястребова О.Н., Свешников П.Г., Уланова Т.И., Арчаков А.И. (2006) Физиол. и патол. иммун. сист., 10, №12, 11-14. Scholar google search 31. Кайшева А.Л., Иванов Ю.Д., Згода В.Г., Французов П.А., Плешакова Т.О., Крохин Н.В., Зиборов В.С., Арчаков А.И. (2010) Биомед. химия, 56, 26-39. CrossRef Scholar google search 32. Dexlin-Melby L., Sandstrom A., Antberg L., Gumarsson J., Hansson S.R., Borrebaeck C.A.K., Wingren C. (2011) Proteomics, 11, 1550-1554. Scholar google search 33. Stern E., Vacic A., Rajan N.K., Criccione J.M., Park J., Ilic B.R., Mooney D.J., Reed M.A., Fahmy T.M. (2010) Nat. Nanotechnol., 5, 138-142. Scholar google search 34. Zheng G., Gao X.P.A., Lieber C.M. (2010) Nano Lett., 10, 3179-3183. Scholar google search 35. Kiselyova O.I., Yaminsky I.V., Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Kuznetsov V.Yu., Archakov A.I. (1999) Arch. Biochem. Biophys, 371, 1-7. Scholar google search 36. Kuznetsov V.Yu., Ivanov Yu.D., Bykov V.A., Saunin S.A., Fedorov I.A., Lemeshko S.V., Hui Bon Hoa, Archakov A.I. (2002) Proteomics, 2, 1699-1705. Scholar google search 37. Archakov A.I., Ivanov Y.D. (2002) Methods Enzymol., 357, 94-103. Scholar google search 38. Kuznetsov V.Yu., Ivanov Yu.D., Archakov A.I. (2004) Proteomics, 4, 2390-2396. CrossRef Scholar google search 39. Archakov A.I., Ivanov Yu.D. (2007) Mol. Biosyst., 3, 336-342. Scholar google search 40. Medvedeva N.V., Ipatova O.М., Ivanov Yu.D., Drozhzhin A.I., Archakov A.I. (2007) Biochemistry (Moscow) Suppl. Series B: Biomedical Chemistry, 1, 114-124. Scholar google search 41. Ivanov Y.D., Frantsuzov P.A., Ivanov A.V., Bykov V.A., Besedin S., Hui Bon Hoa, Archakov A.I. (2010) Anal. Methods, 2, 688-693. CrossRef Scholar google search 42. Ivanov Y.D., Frantsuzov P.A., Zцllner A, Medvedeva N.V., Archakov A.I., Reinle W., Bernhardt R. (2011) Nanoscale Res. Lett., 6, 54. Scholar google search 43. Лиманская Л.А., Лиманский А.П. (2006) Биоорган. химия, 32, 1-17. Scholar google search 44. Vijayendran R.A., Ligler F.S., Leckband D.E. (1999) Anal. Chem., 71, 5405-5412. CrossRef Scholar google search 45. Ramsden J.J., Bachmanova G.I., Archakov A.I. (1996) Biosens. Bioelectron., 11(5), 523-528. CrossRef Scholar google search 46. Левич В.Г. (1959) Физико-химическая гидродинамика, Гос. Изд-во физико-математической литературы, М. Scholar google search 47. Zheng G., Patolsky F., Cui Y., Wang W.U., Lieber C.M. (2005) Nature Biotechnol., 23, 1294-1301. CrossRef Scholar google search 48. Kim A. et al. (2007) Appl. Phys. Lett., 91, 103901. CrossRef Scholar google search 49. Cai D., Ren L., Zhao H., Xu C., Zhang L., Yu Y., Wang H., Lan Y., Roberts M.F., Chuang J.H., Naughton M.J., Ren Z., Chiles T.C. (2010) Nat. Nanotechnol., 5, 597-601. CrossRef Scholar google search 50. Hermanson G.T. (2008) Bioconjugate Techniques, Acad. Press, 2008, 1060 p. Scholar google search 51. Mattson G., Conklin E., Desai S., Nielander G., (1993) Mol. Boil. Reports, 17, 167-183. CrossRef Scholar google search 52. Иванов Ю.Д., Бухарина Н.С., Французов П.А., Плешакова Т.О., Мунро А.В., Хуэй Бон Хоа Г., Арчаков А.И. (2010) Нанотехнологии и охрана здоровья, II(1), 30-35. Scholar google search 53. Braga P.C., Ricci D. (2003) Methods in Molecular Biology, 242, Atomic Force Microscopy. BiologyBiomedical Methods and Applications. Humana Press, NJ, 382 p. CrossRef Scholar google search 54. Huff J., Lynch M.P., Nettikadan S., Johnson J.C. (2004) J. Biol. Screening, 9, 491-497. CrossRef Scholar google search 55. Ramacviciene A., Snitka V., Mieliauskiene R., Ramanavicius A. (2006) Cent. Eur. J. Chem., 4(1), 194-206. Scholar google search 56. Медведева Н.В., Ипатова O.M., Иванов Ю.Д., Дрожжин A.И., Арчаков A.И. (2006) Биомед. химия, 52, 529-546. Scholar google search 57. Archakov A.I., Ivanov Yu.D. (2011) Biochim. Biophys. Acta, 1814, 102-110. CrossRef Scholar google search 58. Calabro M.A., Katz J.T., Holloway P.W. (1976) J. Biol. Chem., 251, 2113-2118. Scholar google search 59. Green N.M. (1964) Biochem. J., 92, 16C-17C. CrossRef Scholar google search 60. Haifeng L., Yuwen L., Xiaomin C., Zhiyong W., Cunxin W. (2008) J. Therm. Anal. Calorim., 93, 569–574. CrossRef Scholar google search 61. Davies P.S., Rennke H.G., Cotran R.S. (1981) J. Cell. Sci., 49, 69-86. Scholar google search 62. Haniu M., Armes L.G., Yasunobu K.T., Shastry B.A., Gunsalus I.C. (1982) J. Biol. Chem., 257, 12664-12671. Scholar google search 63. Chu J.-W., Kimura T. (1973) J. Biol. Chem., 248, 2089-2094. Scholar google search 64. Unger B.P., Gunsalus I.C., Sligar S.G. (1986) J. Biol. Chem., 261, 1158-1163. Scholar google search 65. Bussolati G., Gugliotta P. (1983) J. Histochem. Cytochem., 31, 1419-1421. Scholar google search 66. Xialing C., Lin M. (2009) J. Biochem. Tech., 1, 92-95. Scholar google search 67. Лойцянский Л.Г. (1978) Механика жидкости и газа, Наука, М. Scholar google search 68. Даничев В.В., Загуменный М.Н., Смирнов Л.П. (2006) Труды Четвёртой Российской национальной конференции по теплообмену, 3, Издательский дом МЭИ, М., c. 219-222. Scholar google search 69. Патанкар С. (1984) Численные методы решения задач теплообмена и динамики жидкости, Энергоатомиздат, М. Scholar google search 70. Wu H., Patterson G.K. (1989) Chem. Eng. Sci., 44, 2207-2221. Scholar google search 71. Даничев В.В., Загуменный М.Н., Карташева Е.Л., Федюшкин А.И. (2005) Труды Второй Российской конференции “Тепломассообмен и гидродинамика в закрученных потоках”, 15-17 марта 2005 г. Москва, МЭИ (электронный ресурс). Scholar google search 72. Лапин Ю.В., Гарбарук А.В., Стрелец М.Х. (2004) Научно-технические ведомости, 2, 1-31. Scholar google search 73. Пригожин И., Дефэй Р. (1966) Химическая термодинамика (пер. с англ.), Наука, Новосибирск. Scholar google search
