Простой метод оценки вероятности детекции пептида при масс-спектрометрии с электроспрейной ионизацией

   


1. Институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича
Тип: Краткое сообщение
DOI: 10.18097/PBMC20146006707      УДК: 577.332      Идентификатор PubMed: 25552513
Год: 2014 том: 60  выпуск:6  страницы: 707-712
Реферат: Рассмотрена возможность отбора перспективных пептидов, использующихся для детекции и количественного определения белков в направленной масс-спектрометрии методом положительной электроспрейной ионизации. В основе данного метода лежит предсказание интенсивности масс-спектрометрических пиков с использованием линейно-регрессионной модели. Данный метод имеет априорные ограничения: предварительный отбор пептидов должен быть организован таким образом, чтобы при pH=2,5 выбранные пептиды должны быть в основном представлены ионами 2+ и 3+. Рассматриваются только пептиды, имеющие на С-конце остатки аргинина или лизина. В качестве независимых переменных используются аминокислотный состав пептида, концентрация пептида и отношение площадей полярных поверхностей полярных объёмов к общим. Из нескольких рассмотренных комбинаций переменных лучшая линейно-регрессионная модель имеет коэффициент детерминации при скользящем контроле 0,54. Модель уверено отличает пептиды с высокой степенью ответа от пептидов с низкой степенью ответа, и если отобранных по простым критериям пептидов слишком много, позволяет отобрать только самые перспективные. Данный способ фильтрации, простой и быстрый, может быть с успехом применён для сокращения списка наблюдаемых пептидов.
Загрузить PDF:
Дополнительные материалы:
Ссылка: Рыбина А.В., Скворцов В.С., Копылов А.Т., Згода В.Г., Простой метод оценки вероятности детекции пептида при масс-спектрометрии с электроспрейной ионизацией, Биомедицинская химия, 2014, том: 60(6), 707-712.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750815040046
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)