pIPredict – компьютерная программа для предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков

   


1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Тип: Биоинформатика/Протеомика
DOI: 10.18097/PBMC20156101083      УДК: 577.332      Идентификатор PubMed: 25762601
Год: 2015 том: 61  выпуск:1  страницы: 83-91
Реферат: Данные о приблизительном значении pI, полученные в ходе фракционирования пептидов методом изоэлектрического фокусирования, могут быть с успехом использованы для расчёта шкалы значений pKa аминокислотных остатков, на основании которой можно предсказать pI для любого произвольного пептида. Такого рода данные содержат информацию о различных посттрансляционных модификациях (PTM), благодаря чему предсказания pI могут быть осуществлены для широкого спектра белковых форм. В настоящей работе расчёт шкалы значений pKa проведён на основании выборки в 13448 пептидов, 300 из которых имели PTM значимые для расчёта pI. Константы для N-концевых и C-концевых аминокислотных остатков учитывались самостоятельно. Сравнительный анализ показывает, что использование нашей шкалы повышает точность предсказания pI как для пептидов, так и для белков, с успехом конкурируя как с традиционными шкалами, так и с узкоспециализированными методами предсказания, такими как методы опорных векторов и искусственных нейронных сетей. Использовать данную шкалу для предсказания pI можно с помощью разработанной нами программы с графическим интерфейсом, написанной на языке JAVA в виде исполняемого jar-архива. Программа свободна для использования академическими пользователями и доступна по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/pIPredict. В программе реализованы также возможности предсказания по ряду других широко распространённых шкал, учёта некоторых PTM и добавления собственных вариантов шкалы.
Загрузить PDF:
Ссылка: Скворцов В.С., Алексейчук Н.Н., Худяков Д.В., Ромеро Рейес И.В., pIPredict – компьютерная программа для предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков, Биомедицинская химия, 2015, том: 61(1), 83-91.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750815030099
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)