Суперкомпьютерное исследование спектра низкоэнергетических минимумов энергии системы белок-лиганд

   


1. ООО “Димонта”, Москва, Россия
2. ООО “Димонта”, Москва, Россия; Научно-исследовательский вычислительный центр, Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова, Москва, Россия
Тип: Экспериментальное исследование
DOI: 10.18097/PBMC20156106712      УДК: 004.094, 539.6, 577.3      Идентификатор PubMed: 26716742
Год: 2015 том: 61  выпуск:6  страницы: 712-716
Реферат: Адекватный выбор целевой функции при проведении докинга может значительно повлиять как на точность позиционирования лиганда, так и на точность расчетов энергии связывания белка и лиганда. В данной работе проведена оценка пяти различных целевых функций, применяемых в докинге, включая функции, базирующиеся на силовом поле MMFF94, а также на квантовохимическом методе PM7, как с учетом, так и без учета растворителя (в рамках моделей растворителя PCM, COSMO, SGB). Для проведения подобной оценки мы сравнили положения лигандов в минимумах функций с экспериментально известными положениями лиганда в активном центре белка (так называемыми кристаллическими положениями лиганда), а также сравнили получившиеся в результате вычислений свободные энергии связывания с энергиями, полученными из экспериментальных данных. Каждая из функций была исследована на тестовом наборе, состоящем из 16 комплексов белок-лиганд. Для нахождения минимумов была разработана новая параллельная программа докинга FLM, использующая алгоритм Монте-Карло и осуществляющая исчерпывающий поиск низкоэнергетических минимумов, а также вычисление свободной энергии связывания. Полученные данные показывают, что целевая функция докинга на основе силового поля MMFF94 в вакууме может быть использована для обнаружения кристаллического или близких к нему позиций лиганда. Улучшение как точности позиционирования лиганда, так и корреляции значений энергий связывания со значениями, полученными в эксперименте, было показано при замене силового поля MMFF94 на новый метод PM7 с учётом воды в неявной модели COSMO
Загрузить PDF:
Ссылка: Оферкин И.В., Сулимов А.В., Каткова Е.В., Кутов Д.К., Григорьев Ф.В., Кондакова О.А., Сулимов В.Б., Суперкомпьютерное исследование спектра низкоэнергетических минимумов энергии системы белок-лиганд, Биомедицинская химия, 2015, том: 61(6), 712-716.
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)