Программа ProteoCat как инструмент планирования протеомного эксперимента

   


1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Тип: Краткое сообщение
DOI: 10.18097/PBMC20156106770      УДК: 577.332      Идентификатор PubMed: 26716751
Год: 2015 том: 61  выпуск:6  страницы: 770-776
Реферат: Программа ProteoCat предназначена для помощи исследователям при планировании широкомасштабных протеомных экспериментов. Центральной частью программы является модуль симуляциигидролиза, поддерживающий 4 протеазы (трипсин, лизин С, эндопротеиназы AspN и GluC). Для полученных в результате виртуального гидролиза или загруженных пептидов рассчитывается или предсказывается ряд важных для масс-спектрометрического эксперимента свойств, по которым данные могут быть проанализированы и отфильтрованы. Для предсказания pI и оценки вероятности детекции пептида в программе использованы новые улучшенные модификации описанных ранее собственных методов; pI также может быть предсказано по ряду популярных шкал pKa, предложенных другими исследователями. Предсказание времени удержания пептида реализовано в виде алгоритма аналогичного используемому в программе SSRCalc. Используя ProteoCat можно оценить степень покрытия аминокислотной последовательности анализируемых белков при заданных ограничениях на детекцию пептидов, а также возможность сборки протяжённых пептидов из фрагментов с установленными пользователем минимальными размерами “липких” концов. Программа имеет графический интерфейс, написана на языке JAVA и доступна по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/ProteoCat.
Загрузить PDF:
Ссылка: Скворцов В.С., Алексейчук Н.Н., Худяков Д.В., Микурова А.В., Рыбина А.В., Новикова С.Е., Тихонова О.В., Программа ProteoCat как инструмент планирования протеомного эксперимента, Биомедицинская химия, 2015, том: 61(6), 770-776.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750816030148
Список цитируемой литературы (Bibliography)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)