Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. I. Неканонические структуры

   


1. Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины, Москва, Россия
Тип: Экспериментальное исследование
DOI: 10.18097/PBMC20166205535      УДК: 577.21: 577.29      Идентификатор PubMed: 27797328
Год: 2016 том: 62  выпуск:5  страницы: 535-543
Реферат: Впервые системно рассмотрен конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов Alu-повторов ДНК (Alu). Ретротранспозоны Alu – короткие диспергированные повторы, широко представленные в геномах приматов. На примере последовательностей Alu-интрона проонкогена bcl2 и консенсусного AluSx методом биоинформатического анализа определены характерные сайты (PQS), способные формировать G-квадруплексы (GQ). Показано, что в геноме человека они ассоциированы практически исключительно с Alu-повторами. Cоставлено представление о частотах встречаемости PQSAlu (~1/10000 п.н.); установлено, что они наиболее характерны для молодых (активных) семейств AluY-повторов. Получены рекомбинантные последовательности Alu гена bcl2 (304 п.н.) и мутант Alu-PQS. Методами DMS-футпринтинга и атомно-силовой микроскопии (ACM) показана реализация неканонических структур в составе ДНК Alubcl2 и их отсутствие в Alu-PQS. Получены экспрессионные векторы, несущие вставки природного и мутантного Alu в промоторной области репортерного гена, и сопоставлены их регуляторные эффекты при трансфекции культур клеток НЕК293 и HeLa. Мы предполагаем, что изучение динамики пространственной организации Alu-повторов ДНК может внести вклад в понимание механизмов геномных перестроек, лежащих в основе многих онкологических и нейродегенеративных патологий.
Загрузить PDF:
Ссылка: Секридова А.В., Варижук А.М., Татаринова О.Н., Северов В.В., Баринов Н.А., Смирнов И.П., Лазарев В.Н., Клинов Д.В., Позмогова Г.Е., Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. I. Неканонические структуры, Биомедицинская химия, 2016, том: 62(5), 535-543.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750817010097
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)