Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. II. потенциальная роль G-квадруплексных структур в геномных перестройках

   


1. ФНКЦ физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия
Тип: Экспериментальное исследование
DOI: 10.18097/PBMC20166206630      УДК: 577.21:577.29      Идентификатор PubMed: 28026805
Год: 2016 том: 62  выпуск:6  страницы: 630-637
Реферат: Показана способность трёх консервативных G-богатых фрагментов Alu-повторов (PQS2, PQS3 и PQS4) формировать in vitro стабильные внутри и межмолекулярные G-квадруплексы (GQ). Спектральными методами определены структура и топология этих фрагментов. Проведено исследование самоассоциации G-богатых фрагментов Alu. С использованием FRET-эффекта впервые показано образование димерных GQ из дистально расположенных сайтов (PQS2)2, (PQS3)2 и PQS2-PQS3 в составе протяжённой однонитевой ДНК. Методами DOSY ЯМР, ACM-микроскопии, дифференциального КД-анализа показано, что олигомер PQS4 (параллельный GQ) образует стопки, стабилизированные стекинг-взаимодействиями внешних G-тетрад. Сравнительный анализ свойств различных GQ позволил высказать предположение об универсальности механизмов межмолекулярных GQ-зависимых геномных перестроек по крайней мере двух типов: образование димерных GQ из фрагментов разных молекул и формирование GQ-GQ-стопок взаимодействием уже сложившихся в составе разных ДНК параллельных GQ. Ассоциация G-богатых мотивов Alu с локусами, чувствительными к разрывам и перестройкам, может быть обусловлена не только особенностями структуры G-богатых фрагментов Alu, но, в первую очередь, их высокой представленностью в геноме.
Загрузить PDF:
Ссылка: Варижук А.М., Секридова А.В., Танкевич М.В., Подгорский В.С., Смирнов И.П., Позмогова Г.Е., Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. II. потенциальная роль G-квадруплексных структур в геномных перестройках, Биомедицинская химия, 2016, том: 62(6), 630-637.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750817020093
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)