Использование ДНК-матрицы в качестве контроля при проведении транскриптомного анализа на стандартных микрочипах Agilent Technologies

   


1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Тип: Краткое сообщение
DOI: 10.18097/PBMC20166206715      УДК: 577.29      Идентификатор PubMed: 28026817
Год: 2016 том: 62  выпуск:6  страницы: 715-719
Реферат: Достоверность результатов транскриптомного анализа на микрочипах достигается многоступенчатой нормализацией полученных данных. Одно из важных условий для такой нормализации – наличие внутренних контролей. При подготовке проб по стандартному протоколу фирмы Agilent Technologies в качестве таких контролей используется набор Spike-In Kit, представляющий собой смесь разных РНК в известных соотношениях. Синтезированные in vitro молекулы РНК применялись в исследованиях зависимости между интенсивностью флуоресцентного сигнала и наличием РНК в образце. К минусам таких контролей можно отнести сравнительную сложность их получения и нестабильность РНК. Поскольку основой для синтеза меченой кРНК при пробоподготовке по протоколу Agilent является наличие Т7 промотора, мы предположили, что таким же успешным будет синтез любой последовательности, имеющей в начале такой промотор. Более того, в качестве матрицы может выступать молекула ДНК. В ходе нашей работы на примере нескольких генов, включенных в плазмидную ДНК после Т7-промотора, было показано, что такая конструкция является полноценной матрицей для синтеза РНК с включением флуоресцентной метки. По сравнению с классическим типом внутренних контролей на основе РНК, такая матрица отличается стабильностью, простотой изготовления и легко может быть получена в больших количествах.
Загрузить PDF:
Ссылка: Курбатов Л.К., Згода В.Г., Использование ДНК-матрицы в качестве контроля при проведении транскриптомного анализа на стандартных микрочипах Agilent Technologies, Биомедицинская химия, 2016, том: 62(6), 715-719.
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)