Коррекция электрофоретического сдвига в виртуальном 2D SDS-PAGE электрофорезе

   


1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Тип: Краткое сообщение
DOI: 10.18097/PBMC20176303278      Идентификатор PubMed: 28781262
Год: 2017 том: 63  выпуск:3  страницы: 278-283
Реферат: Виртуальный электрофорез в протеомике может быть использован для поиска локализации конкретных белков и протеоформ, особенно если они представлены в низкой концентрации, для формирования гипотез, какие протеоформы обнаруживаются в эксперименте и других задач. В то время как задача предсказания изоэлектрической точки хорошо исследована, вопрос коррекции электрофоретического сдвига относительно молекулярного веса, рассчитанного по аминокислотной последовательности белка, как правило, игнорируется. Для формирования уравнения, корректирующего данную величину, использовались 4 выборки данных, взятых из литературных источников и базы данных SWISS-2DPAGE (123, 72, 118 и 470 наблюдения соответственно). Было построено 2 группы моделей. Первая базировалась на аминокислотном спектре белков, вторая – на анализе параметров, рассчитанных по аминокислотной последовательности (теоретический молекулярный вес, гидрофобность, распределение зарядов, способность образовывать спиральные структуры). В пределах отдельных выборок коэффициент детерминации колебался от 0,35 до 0,75, причём кросс-предсказание между выборками не давало хорошего результата. Однако направление, в какую сторону следует провести коррекцию, в 74% случаев предсказывалось правильно. При объединении выборок и делении коэффициент детерминации при настройке колебался от 0,44 до 0,51, в то же время, R2 предсказания был не хуже 0,39, а направление коррекции предсказывалось правильно в 80% случаев. Созданные модели предсказания интегрированы в программу pIPredict v.2, доступную по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/pIPredict.
Загрузить PDF:
Ссылка: Скворцов В.С., Алексейчук Н.Н., Рыбина А.В., Коррекция электрофоретического сдвига в виртуальном 2D SDS-PAGE электрофорезе, Биомедицинская химия, 2017, том: 63(3), 278-283.
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)