Применение методов de novo секвенирования для идентификации белков

   


1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Тип:
DOI: 10.18097/PBMC20176304341     
Год: 2017 том: 63  выпуск:4  страницы: 341-350
Реферат: С использованием трёх программ de novo секвенирования (Novor, PEAKS и PepNovo+) проведена идентификация белков из набора, включающего 48 белков человека (набор UPS2 компании “Sigma-Aldrich”, США). Экспериментальные данные получены при помощи тандемной масс-спектрометрии. В работе исследованы как набор данных белков, так и комбинированные пробы с добавлением экстракта E. coli и плазмы крови человека. При использовании критерия идентификации (два пептида длиной не менее девяти остатков или один пептид не короче 13 остатков) в “чистой” пробе обнаружено 13 (Novor), 20 (Peaks) и 11 (PepNovo+) белков из набора UPS2. Для комбинированных проб результат был или сопоставимым, или хуже. При использовании предсказаний, включающих высокодостоверный фрагмент (TAG) последовательности длиной не менее 7 остатков, и “остаточные” (неидентифицированные) массы с N- и С-концов (PepNovo+), результат существенно улучшается (~20%) и хорошо идентифицируются масс-спектрометрические артефакты и, вероятно, PTM. В работе зарегистрированы нестандартные С-концевые изменения масс (+23,02, +26,04 и +27,03) встречающиеся статистически достоверно. При использовании пептидов, содержащих эти модификации, а также пограничных критериев идентификации, в различных пробах удалось обнаружить 41 из 48 белков набора UPS2.
Загрузить PDF:
Ссылка: Скворцов В.С., Микурова А.В., Рыбина А.В., Применение методов de novo секвенирования для идентификации белков, Биомедицинская химия, 2017, том: 63(4), 341-350.
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)