Степень покрытия аминокислотной последовательности при использовании различных методов анализа масс-спектрометрических данных, полученных на модельных белках

   


1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Тип: Омикс-технологии
DOI: 10.18097/PBMC20176305397      Идентификатор PubMed: 29080871
Год: 2017 том: 63  выпуск:5  страницы: 397-404
Реферат: В работе проведена оценка на 5 модельных белках (CYB5A, SMAD4, RAB27B, FECH и CXXC1) степени покрытия аминокислотной последовательности в панорамной протеомике при использовании различных методов обработки данных, включающих поисковые системы (Mascot и X!Tandem) и программы de novo секвенирования (PEAKS, Novor и PepNovo+). Для достижения максимального результата в работе применялся мультипротеазный гидролиз (ферменты Трипсин, Lys-С, AspN и GluC) в растворе и по методике FASP. Масс-спектрометрический анализ высокого разрешения проводили с помощью гибридного масс-спектрометра Q Exactive HF в режиме положительной ионизации, родительские ионы с наибольшей интенсивностью и зарядом в диапазоне от +2 до +6, фрагментировали в режиме HCD. Всего было проведено 27 экспериментов (гидролиз каждым из 5 ферментов в растворе; 4 для FASP-протокола, по три технических повтора). При использовании параметров, ограничивающих ложные идентификации пептидов, поисковые системы и программы de novo секвенирования дают сходные результаты. Степень покрытия аминокислотной последовательности не меньше 40%, а в лучших случаях 80-90%. Использование программ de novo секвенирования позволило легко обнаружить аминокислотную замену Y12H в одном из целевых белков (CYB5A).
Загрузить PDF:
Дополнительные материалы:
Ссылка: Микурова А.В., Новикова С.Е., Скворцов В.С., Алексейчук Н.Н., Рыбина А.В., Мирошниченко Ю.В., Степень покрытия аминокислотной последовательности при использовании различных методов анализа масс-спектрометрических данных, полученных на модельных белках, Биомедицинская химия, 2017, том: 63(5), 397-404.
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)