Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования

   


1. Новосибирский государственный университет, Новосибирск, Россия; Институт морских биологических исследований, Севастополь, Россия
2. Новосибирский государственный университет, Новосибирск, Россия; Университет Бордо, Бордо, Франция
3. Новосибирский государственный университет, Новосибирск, Россия; Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
4. Новосибирский государственный университет, Новосибирск, Россия
5. Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
6. Аграрный Университет Хуажонг, Ухань, Китай
Тип: Омикс-технологии
DOI: 10.18097/PBMC20176305418      Идентификатор PubMed: 29080874
Год: 2017 том: 63  выпуск:5  страницы: 418-422
Реферат: Организация пространственной структуры хромосом, их укладки в интерфазном ядре клетки, установление взаимодействующих участков генома эукариот, физически контактирующих друг с другом, активно изучается в мире с использованием современных технологий секвенирования. Основным методом исследования укладки хромосом с помощью секвенирования пар контактирующих фрагментов ДНК стал Hi-C (метод определения конформации хромосом высокого порядка). Исследование взаимодействий хроматина, трехмерной структуры генома и её воздействия на регуляцию транскрипции позволяет понять фундаментальные биологические процессы с точки зрения структурной регуляции экспрессии генов в клетке, что важно для изучения рака. С помощью методов, основанных на иммунопреципитации хроматина и последующем секвенировании (ChIP-seq), стало возможным определение сайтов связывания транскрипционных факторов, регулирующих транскрипцию генов в геномах эукариот; созданы геномные карты связывания транскрипционных факторов. Технология ChIA-PET (Chromatin ImmunoPrecipitation Analysis - Pair End Tags) позволяет исследовать не только отдельные сайты связывания, но и пары таких сайтов на хромосомах, расположенные рядом в трёхмерном пространстве ядра клетки, и находящиеся в комплексе с исследуемым белком. В данной работе рассмотрены принципы построения геномных карт и матриц хромосомных контактов по данным технологий ChIA-PET и Hi-C. Представлен обзор существующих программных решений и компьютерных инструментов для анализа трёхмерной структуры генома по данным Hi-C и ChIA-PET.
Загрузить PDF:
Ссылка: Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г., Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования, Биомедицинская химия, 2017, том: 63(5), 418-422.
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)