Использование молекулярных дескрипторов для распознавания сайтов фосфорилирования в аминокислотных последовательностях

   


1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия; Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова, Москва
2. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Тип: Омикс-технологии
DOI: 10.18097/PBMC20176305423      Идентификатор PubMed: 29080875
Год: 2017 том: 63  выпуск:5  страницы: 423-427
Реферат: Распознавание сайтов фосфорилирования в белках необходимо для реконструкции регуляторных процессов в живых системах. Эта задача осложняется тем, что мотивы фосфорилирования в аминокислотных последовательностях вырождены. Для повышения эффективности предсказания часто используют дополнительные дескрипторы, которые должны отражать физико-химические свойства сайт-содержащих участков. Мы оценили целесообразность такого подхода, применив структурное описание пептидных сегментов с помощью молекулярных дескрипторов MNA. Было проведенo сравнительное тестирование с использованием прогностического метода PASS и двух типов входных данных – наборов MNA-дескрипторов, описывающих пептиды как химические структуры, и буквенных символов, характеризующих аминокислотные последовательности этих же пептидов. Обучающие выборки были классифицированы в соответствии с установленным типом модифицирующего фермента (протекинкиназы). Полученные при валидации прогноза оценки точности для разных классов субстратов существенно различались при использовании как буквенных, так и молекулярных дескрипторов. В случае буквенного описания точность прогноза в меньшей степени зависела от длины анализируемых пептидных сегментов в обучающей выборке, тогда как при структурном описании точность определялась размерами пептидов и характеристикой (уровнем) MNA-дескрипторов. Наибольшая точность прогноза специфичности к различным семействам протеинкиназ достигалась при разных размерах молекулярных фрагментов, покрываемых дескрипторами соответствующих уровней. Это, по-видимому, отражало структурные различия в окружении сайтов, модифицируемых протеинкиназами того или иного типа. Применение молекулярных дескрипторов обеспечило результаты прогноза, сопоставимые по точности с результатами, полученными при традиционном буквенном описании. Точность прогноза при высоких значениях меньше зависела от способа описания сайт-содержащих пептидов. В то же время, использование MNA-дескрипторов позволило достигнуть большей точности там, где буквенное описание не обеспечивало приемлемой точности.
Загрузить PDF:
Ссылка: Карасев Д.А., Савосина П.И., Соболев Б.Н., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Использование молекулярных дескрипторов для распознавания сайтов фосфорилирования в аминокислотных последовательностях, Биомедицинская химия, 2017, том: 63(5), 423-427.
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)