Компьютерный прогноз резистентности вируса иммунодефицита человека к ингибиторам обратной транскриптазы ВИЧ

   


1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Тип: Технологии прецизионной медицины
DOI: 10.18097/PBMC20176305457      Идентификатор PubMed: 29080881
Год: 2017 том: 63  выпуск:5  страницы: 457-460
Реферат: ВИЧ, являющийся причиной cиндрома приобретённого иммунодефицита человека (СПИД), приводит к смерти более миллиона человек ежегодно. Высокоактивная антиретровирусная терапия (ВААРТ) является золотым стандартом терапии против ВИЧ. Нуклеозидные (НИОТ) и ненуклеозидные (ННИОТ) ингибиторы обратной транскриптазы (ОТ) ВИЧ являются одним из основных компонентов ВААРТ. Эффективность терапии во многом определяется устойчивостью штаммов вируса, возникающей в результате точечных мутаций, которые приводят к изменениям в пространственной структуре белков ВИЧ. Целью данной работы являлась разработка компьютерного подхода к прогнозированию устойчивости варианта ВИЧ с известной последовательностью аминокислот к конкретному антиретровирусному препарату из группы ингибиторов ОТ ВИЧ. Ранее нами был разработан метод компьютерного прогноза устойчивости вариантов ВИЧ к препарату на основе позиционно-специфичных дескрипторов, в которых учитывался однобуквенный код аминокислоты и позиция, определяемая в результате множественного выравнивания различных вариантов ВИЧ. В данной работе предлагается использовать в качестве дескрипторов аминокислотной последовательности пентапептидные фрагменты, что позволяет не проводить предварительно выравнивание последовательностей для получения оценки резистентности мутантного штамма. В качестве обучающей выборки использовали последовательности аминокислот более 1900 вариантов ОТ ВИЧ из базы данных HIV Drug Resistance Database, для которых известны результаты тестов на устойчивость в отношении 10 препаратов. Применение методов машинного обучения (метод опорных векторов, Байесовский подход, “случайный лес”, искусственные нейронные сети) позволило достичь максимальной точности прогноза 99%, при средней точности прогноза 89%.
Загрузить PDF:
Ссылка: Тарасова О.А., Филимонов Д.А., Поройков В.В., Компьютерный прогноз резистентности вируса иммунодефицита человека к ингибиторам обратной транскриптазы ВИЧ, Биомедицинская химия, 2017, том: 63(5), 457-460.
Список литературы
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 2011(Том:57)
 2010(Том:56)
 2009(Том:55)
 2008(Том:54)
 2007(Том:53)
 2006(Том:52)
 2005(Том:51)
 2004(Том:50)
 2003(Том:49)