Биоинформатический анализ колокализации генов резистентности и профагов в метагеномах кишечника человека

   


1. Федеральный Научно-Клинический Центр Физико-Химической Медицины, Москва, Россия
2. Медицинский Факультет Университета Женевы, Женева, Швейцария
Тип: Биоинформатика
DOI: 10.18097/PBMC20176306508      Идентификатор PubMed: 29251611
Год: 2017 том: 63  выпуск:6  страницы: 508-512
Реферат: Увеличение доли лекарственно-устойчивых штаммов бактерий непосредственно связано с широким применением антибиотиков в медицине и животноводстве. Предполагается, что микрофлора кишечника служит резервуаром генов антибиотикорезистентности, которые могут передаваться от симбиотических бактерий к патогенным микроорганизмам, в том числе в результате фаговой трансдукции. С использованием программы предсказания профагов PHASTER и базы данных генов антибиотикорезистентности CARD проведён поиск генов антибиотикорезистентности, находящихся в составе профагов, в микробном сообществе кишечника человека. В результате анализа метагеномных сборок восьми образцов в составе последовательностей профагов были обнаружены гены lsaE, mdfA и cpxR/cpxA, присутствие которых обеспечивает устойчивость бактерий к антимикробным пептидам, плевромутилину, линкомицинам, стрептограминам группы А, а также множественную лекарственную устойчивость. Из 659 предположительных профагов, предсказанных в метагеномных сборках, три (0,46%) имели в своём составе гены антибиотикорезистентности.
Загрузить PDF:
Ссылка: Старикова Е.В., Пряничников Н.А., Здобнов Е., Говорун В.М., Биоинформатический анализ колокализации генов резистентности и профагов в метагеномах кишечника человека, Биомедицинская химия, 2017, том: 63(6), 508-512.
Список литературы
 2018(Том:64)
 2017(Том:63)
 2016(Том:62)
 2015(Том:61)
 2014(Том:60)
 2013(Том:59)
 2012(Том:58)
 В печати