Разработана нейросетевая модель для прогнозирования изменения свободной энергии Гиббса при образовании белок-белковых и белок-лигандных комплексов. В качестве обучающей выборки использованы данные о 150 комплексах различной природы, в качестве независимых переменных - различные расчетные значения их физико-химических параметров. Были построены как классическая модель множественной линейной регрессии, так и несколько нейронных сетей прямого распространения с одним скрытым слоем, из которых выбрана лучшая. Показано значимое улучшение показателей качества нейросетевой модели над классической моделью множественной линейной регрессии (R2 настройки 0,81 и 0,54; R2 при процедуре скользящего контроля 0,74 и 0,52 соответственно)
Загрузить PDF:
Ключевые слова: белок-лигандный комплекс, константа диссоциации, нейронная сеть
Цитирование:
Крепец В.В., Белкина Н.В., Скворцов В.С., Иванов А.С. (2000) Предсказание связывающей способности белок-лигандных комплексов при помощи нелинейных моделей. Вопросы медицинской химии, 46(5), 462-473.
Крепец В.В. и др. Предсказание связывающей способности белок-лигандных комплексов при помощи нелинейных моделей // Вопросы медицинской химии. - 2000. - Т. 46. -N 5. - С. 462-473.
Крепец В.В. и др., "Предсказание связывающей способности белок-лигандных комплексов при помощи нелинейных моделей." Вопросы медицинской химии 46.5 (2000): 462-473.
Крепец, В. В., Белкина, Н. В., Скворцов, В. С., Иванов, А. С. (2000). Предсказание связывающей способности белок-лигандных комплексов при помощи нелинейных моделей. Вопросы медицинской химии, 46(5), 462-473.
Шурыгин AM., (2000), Прикладная стохастика. Робастность, оценивание, прогноз. М, Финансы и статистика. Scholar google search
Neural Network Constructor, (2000), http //lmgdd.ibmh.msk.su/NNC. Scholar google search
Oprea T.I., Marshall G.R, (1998), Perspectives in Drug Discovery and Design, Kubinyi H., Folkers G., Martin Y.C. (Eds), 9/10/11, Part I, 35-61. Scholar google search
Афифи А.А., Эйзен СП., (1982), Статистический анализ. Подход с использованием ЭВМ. - М., Мир. Scholar google search
Krepets V.V. (1999), The Second International Conference on Discovery Science, Tokyo, Japan. Scholar google search
Шакин В.В., Крепец В.В. (1999), Тезисы докладов IX Всероссийской конференции по математическим методам распознавания образов (ММРО-9), ВЦ РАН, Москва. Scholar google search
Manallack D. Т., Livingstone D.J., (1992), Medicinal Chem Res 2, 181-190. Scholar google search
Manallack D. Т., Livingstone D.J., (1993), J. Medicinal Chem 36, 1295-1297. Scholar google search
