Произведена компьютерная реконструкция трехмерной структуры полноразмерного цитохрома b5. Работа выполнена с использованием программного комплекса Sybyl 6.4 фирмы Tripos, работающего на графической станции Silicon Graphics Indigo2 (R4400, XZ). Реконструкция осуществлена путем компьютерного моделирования мембранной части цитохрома b5 с последующим соединением ее со структурой известной водорастворимой части b5 (фрагмент с 5 по 91 аминокислотный остаток - файл 3B5C в белковом банке данных PDB). Полученная структура полноразмерного цитохрома b5 была оптимизирована в бинарной системе полярного и неполярного растворителей методами молекулярной динамики и детерминированной минимизации. Молекулярная динамика была выполнена в боксе с периодически граничными условиями с шагом в 1 фс в течение 550 пс при постоянном числе частиц, давлении и температуре. Бокс содержал бинарную систему растворителей. Равновесие системы было достигнуто после 400 пс. С периодом в 5 пс выполнялась процедура минимизации энергии без остановки молекулярной динамики. В результате было получено 100 конформаций полноразмерного цитохрома b5. Величина потенциальной энергии колебалась в пределах от -2.7·104 до -4.2·104 ккал/моль. В качестве конечной конформации была выбрана та, у которой была минимальная величина потенциальной энергии. Анализ липофильной поверхности полученной модели показал, что мембранная часть белка является более гидрофобной и формирует петлевую структуру. Модель соответствует ряду известных экспериментальных данных о структуре цитохрома b5.
Иванов А.С., Скворцов В.С., Арчаков А.И. (2000) Компьютерное моделирование трехмерной структуры полноразмерного цитохрома в5. Вопросы медицинской химии, 46(6), 615-625.
Иванов А.С. и др. Компьютерное моделирование трехмерной структуры полноразмерного цитохрома в5 // Вопросы медицинской химии. - 2000. - Т. 46. -N 6. - С. 615-625.
Иванов А.С. и др., "Компьютерное моделирование трехмерной структуры полноразмерного цитохрома в5." Вопросы медицинской химии 46.6 (2000): 615-625.
Иванов, А. С., Скворцов, В. С., Арчаков, А. И. (2000). Компьютерное моделирование трехмерной структуры полноразмерного цитохрома в5. Вопросы медицинской химии, 46(6), 615-625.
Список литературы
Spatz L, Strittmatter P. (1971) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 68,1042-1046. Scholar google search
Archakov A.I., Karyakin A. V., Skulachev V.P. (1974) FEBS Letters, 39,239-242. Scholar google search
Tajima S, Enomoto K., Sato R. (1978) J. Biochem. (Tokyo), 84,1573-1586. Scholar google search
George S.K., Xu Y.H., Benson L.A., Pratsch L, Peters Я, Mer GM. (1991) BBA, 1066,131-143. Scholar google search
Mathews F.S., Levine M., Argos P. (1972) J. Mol. Biol., 64,449-464. Scholar google search
Moore CD., Al-Misky O.N., Lecomte J.T.J. (1991) Biochemistry, 30, 8357- 8365. Scholar google search
Areas E.P., Pascutti P.G., Schreier S, Mundin K.C., Bisch P.M. (1994). Braz. J. Med. Biol. Res., 27,527-533. Scholar google search
Denaturation. In: The Columbia Encyclopedia, Sixth Edition, 2000, Columbia University Press. WWW address: http://www.infoplease.com/encyclopdict.html. Scholar google search
Jorgensen W.L., Tirado-Rives J. (1988) J. Am. Chem. Soc, 110,1666-1671. Scholar google search
Blundell Т., Carney D., Gardner S., Hayes F, Howlin В., Hubbard Т., Overington J., Singh D.A., SibandaB.L., SutcliffeM. (1988) Eur. J. Biochem., 172, 513-520. Scholar google search
