ВОПРОСЫ МЕДИЦИНСКОЙ ХИМИИ (ISSN 0042-8809)

Компьютерное конструирование лекарств на основе анализа структуры макромолекулы-мишени: I. поиск и описание места связывания лиганда в белке-мишени

   
Иванов А.С.1, Дубанов А.В.1, Скворцов В.С.1, Арчаков А.И.1

1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В. Н. Ореховича РАМН
Идентификатор PubMed: 12243090
Год: 2002  том: 48  выпуск: 3  страницы: 304-315
Оценена возможность применения метода молекулярного докинга для нахождения места связывания лиганда в белке-мишени. В основе подхода лежит генерация гипотез об образовании белок-лигандных комплексов путем докинга трехмерной структуры низкомолекулярного лиганда к поверхности белка с последующей оценкой качества гипотез по величине площади контактирующих поверхностей и расчетной функции, характеризующей энергию образования комплекса. Процедуру докинга выполняли с помощью оригинальной компьютерной программы DockSearch, работающей как на PC Pentium, так и на компьютерах SGI. Программа генерирует и оценивает набор вероятных позиций лиганда на поверхности белка. Минимизацию энергии комплексов выполняли с помощью программного комплекса Sybyl 6.5 (Tripos Inc.) на сервере Silicon Graphics Origin200. В конечную выборку отбирались модели с наибольшей площадью контактирующих молекулярных поверхностей и величиной энергии образования комплекса. Данный подход был проверен на 26 различных белках, для которых известны структуры их комплексов с лигандами. Произведена оценка границ применимости описанного подхода. Показано, что для большинства белков-мишеней предлагаемый метод позволяет правильно найти место связывания лиганда и получить его описание с достаточной точностью для последующего поиска веществ-прототипов в базах данных структур химических соединений. В работе также проанализированы причины негативных результатов, полученных при использовании данного подхода в некоторых случаях
Загрузить PDF:  
Цитирование:

Иванов, А. С., Дубанов, А. В., Скворцов, В. С., Арчаков, А. И. (2002). Компьютерное конструирование лекарств на основе анализа структуры макромолекулы-мишени: I. поиск и описание места связывания лиганда в белке-мишени. Вопросы медицинской химии, 48(3), 304-315.
Список литературы  
 2002 (том 48)
 2001 (том 47)
 2000 (том 46)
 1999 (том 45)
 1998 (том 44)
 1997 (том 43)
 1996 (том 42)
 1995 (том 41)
 1994 (том 40)
 1993 (том 39)
 1992 (том 38)
 1991 (том 37)
 1990 (том 36)
 1989 (том 35)
 1988 (том 34)
 1987 (том 33)
 1986 (том 32)
 1985 (том 31)
◄        ►