Обзор посвящен описанию основных подходов, проблем и перспектив компьютерного моделирования трехмерной структуры цитохромов Р450 (Р450). В нем рассмотрены следующие вопросы: (1) место компьютерного моделирования в исследованиях Р450; (2) основные этапы моделирования пространственной структуры белка по гомологии; (3) цели и задачи молекулярного моделирования; (4) проблемы моделирования Р450 по гомологии; (5) критерии оценки успешного моделирования Р450 по гомологии; (6) методы уточнения моделей Р450, проверки их правильности и достоверности.
Загрузить PDF:
Цитирование:
Иванов А.С., Скворцов В.С., Сеченых А.А., Дубанов А.В., Лисица А.В. (2003) Компьютерное моделирование пространственной структуры цитохромов P450: проблемы и перспективы. Биомедицинская химия, 49(3), 221-237.
Иванов А.С. и др. Компьютерное моделирование пространственной структуры цитохромов P450: проблемы и перспективы // Биомедицинская химия. - 2003. - Т. 49. -N 3. - С. 221-237.
Иванов А.С. и др., "Компьютерное моделирование пространственной структуры цитохромов P450: проблемы и перспективы." Биомедицинская химия 49.3 (2003): 221-237.
Иванов, А. С., Скворцов, В. С., Сеченых, А. А., Дубанов, А. В., Лисица, А. В. (2003). Компьютерное моделирование пространственной структуры цитохромов P450: проблемы и перспективы. Биомедицинская химия, 49(3), 221-237.
Список литературы
Poulos T.L. (1995) Current Opinion in Structural Biology, 5, 767- 774. Scholar google search
Jan Drenth (1994) Principles of Protein X- ray Crystallography. Springer- Verlag. Scholar google search
Fredman M. (1984) Bull, of Mathematical Biology, 46, 553- 566. Scholar google search
Сеченых А.А., Дубанов А.В., Скворцов B.C., Иванов A.C., Арчаков А.И. (2002) Вопр. мед. хим., 48, 526- 538. Scholar google search
Database PROMISE (The Prosthetic group's` and Metal Ions in Protein Active Sites Database Version 2.0), Chapter `P450 proteins`. (http://metallo.scripps.edu/PROMISE/P450.html). Scholar google search
Belkina N.V., Lisurek M., Ivanov A.S., Bernhardt R. (2001) J. Inorg. Biochem., 87, 197- 207. Scholar google search
Белкина К.В., Скворцов B.C., Иванов А.С., Арчаков А.И. (1998) Вопр. мед. хим., 44, 464- 473. Scholar google search
Ivanov A.S., Sechenykh A.A., Skvortsov V.S., Shkrob A.M., Archakov A.I. (1997) Proceedings of the 2nd Int. Conf. Mol. Str. Biology, Vienna, 126/P62. Scholar google search
Bridges A., Gruenke L., Chang Y.T., Vakser I.A., Loew G., Waskell L. (1998) J. Biol. Chem., 273, 17036- 17049. Scholar google search
Иванов А.С., Скворцов В.С., Арчаков А.И. (2000) Вопр. мед. хим., 46, 615- 625. Scholar google search
С ASP experiment (Protein Structure Prediction Center, Biology and Biotechnology Research Program, Lawrence Livermore National Laboratory, Livermore, California, USA) (http://predictioncenter.llnl.gov). Scholar google search
Sanchez R., Sali A. (1997) Current Opinion in Structural Biology, 7, 206- 214. Scholar google search
May A.C.W., Blundell T.L. (1994) Current Opinion in Biotechnology, 5, 355- 360. Scholar google search
Al- Lazikani В., Jung J., Xiang Z., Honig B. (2001) Current Opinion in Chemical Biology, 5, 51- 56. Scholar google search
Laskowski R.A., MacArthur M.W., Moss D.S., Thornton J.M. (1993). J. Appl. Cryst, 26,283- 291. (http://vvww.biochem.ucl.ac.uk/~roman/procheck/procheck.html). Scholar google search
Sybyl's ProTable (http://www.tripos.com/sciTech/inSilicoDisc/media/LitCtr/protable.pdf). Scholar google search
Godzik A., Kolinski A., Skolnick J. (1993) J. Сотр. Aid. Mol. Design, 7, 397- 438. (http://www.tripos.com/adrnin/LitCtr/matchmaker.pdf)'. Scholar google search
Vriend G. (1990) J. Mol. Graph. 8, 52- 56. (http://www.cmbi.kun.nl/whatif/). Scholar google search
Sippl M.J. (1993) Proteins, 17,355- 362. (http://lore.came.sbg.ac.at/Services/prosa.html). Scholar google search
Luthy R., Bowie J.U., Eisenberg D. (1992) Nature, 356, 83- 85. (http://www.acce lrys.com/insight/Profiles- 3D_page.html). Scholar google search
