По данным об аминокислотной последовательности методом гомологии построены пространственные структуры для трех антител, специфичных к пестициду 2,4-дихлоро-феноксиуксусной кислоте (2,4-D). Во всех случаях была получена сходная структура сайта связывания. Наиболее важным остатком во взаимодействии с 2,4-D является тирозин, служащий "стенкой" сайта связывания и предположительно образующий p-стекинг взаимодействие с ароматическим ядром лиганда. Другие стенки полости образованы гидрофобными остатками. На входе в полость в 2-х из 3-х структур находятся остатки глутаминовой кислоты. На базе результатов докинга 2,4-D и его аналогов качественно объяснены данные по кросс-реактивности. По результатам моделирования предлагается замена глутаминовой кислоты H50 на входе в сайт связывания на серин или лизин для устранения электростатического отталкивания с лигандом и предположительного улучшения его связывания. Соответствующие мутации были проверены виртуальным мутагенезом на модельной структуре.
Загрузить PDF:
Цитирование:
Колясников О.В., Григоренко В.Г., Егоров А.М. (2003) Анализ модельной структуры сайта связывания антител против 2,4-дихлорофеноксиуксусной кислоты. Биомедицинская химия, 49(3), 238-249.
Колясников О.В. и др. Анализ модельной структуры сайта связывания антител против 2,4-дихлорофеноксиуксусной кислоты // Биомедицинская химия. - 2003. - Т. 49. -N 3. - С. 238-249.
Колясников О.В. и др., "Анализ модельной структуры сайта связывания антител против 2,4-дихлорофеноксиуксусной кислоты." Биомедицинская химия 49.3 (2003): 238-249.
Колясников, О. В., Григоренко, В. Г., Егоров, А. М. (2003). Анализ модельной структуры сайта связывания антител против 2,4-дихлорофеноксиуксусной кислоты. Биомедицинская химия, 49(3), 238-249.
ABG: Germline gene directories of mouse of Juan Carlos Almagro Antibody Group, URL: http://www.ibt.unam.mx/vir/V_mice.html. Scholar google search
IMGT, the international ImMunoGeneTics database, URL: http://imgt.cines.fr: 8104/. Scholar google search
Wedemayer G.J., WangL.H., Patten PA., Schultz P.G., Stevens R.C. (1997) J. Mol. Biol., 268, 390- 400. Scholar google search
Chitarra V., Alzari P.M., Bentley G.A., Bhat T.N., Eisele J.L., Houdusse A., Lescar J., Souchon K., Poljak R.J. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 90, 7711- 7715. Scholar google search
Guddat L.W., Shan L., Anchin J.M., Linthicum D.S., Edmundson A.B. (1994) J. Mol. Biol., 236, 247- 274. Scholar google search
Barbas C.F., Heine A., Zhong G., Hoffmann I., Gramatikova S., Bjornestedt R., List В., Anderson J., Stura E.A., Wilson I.A., Lerner R.A. (1997) Science, 278, 2085- 2092. Scholar google search
