В работе выполнено компьютерное моделирование фрагмента бислойной мембраны из дипальмитоилфосфатидилхолина (ДПФХ). Модель ДПФХ сконструирована на основе кристаллических структур холина и глицерофосфата с последующим достраиванием двух жирнокислотных остатков. Молекула ДПФХ была размножена и из полученных копий построена модель бислоя, содержащая 338 липидных молекул. Моделирование молекулярной динамики в водном окружении в течение 3,5 нс выполняли с оптимизированной структурой бислоя. Равновесие системы было достигнуто после 1,3 нс молекулярной динамики. Сопоставление ряда структурных параметров, рассчитанных из модели бислоя, с экспериментальными значениями показало их хорошее соответствие. С целью проверки возможности использования построенной модели бислоя для моделирования топологии мембранных белков в нее был встроен мембранный белок моноаминоксидаза А (МАО А), трехмерная структура и мембранная топология которого известны. Система, состоящая из липидного бислоя, белка и воды, оптимизирована с применением молекулярной динамики в течение 3,0 нс. Равновесная пространственная структура МАО А и её положение в мембране хорошо согласуются с кристаллической структурой этого фермента.
Загрузить PDF:
Цитирование:
Смолинская Ю.Ю., Веселовский А.В., Иванов А.С. (2004) Полноатомная компьютерная модель бислойной мембраны с МАО A. Биомедицинская химия, 50(5), 451-459.
Смолинская Ю.Ю. и др. Полноатомная компьютерная модель бислойной мембраны с МАО A // Биомедицинская химия. - 2004. - Т. 50. -N 5. - С. 451-459.
Смолинская Ю.Ю. и др., "Полноатомная компьютерная модель бислойной мембраны с МАО A." Биомедицинская химия 50.5 (2004): 451-459.
Смолинская, Ю. Ю., Веселовский, А. В., Иванов, А. С. (2004). Полноатомная компьютерная модель бислойной мембраны с МАО A. Биомедицинская химия, 50(5), 451-459.
