Полноатомная компьютерная модель бислойной мембраны с МАО A

   
Смолинская Ю.Ю.1, Веселовский А.В.1, Иванов А.С.1

1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН
Раздел: Экспериментальное/клиническое исследование
Идентификатор PubMed: 15628594
Год: 2004  том: 50  выпуск: 5  страницы: 451-459
В работе выполнено компьютерное моделирование фрагмента бислойной мембраны из дипальмитоилфосфатидилхолина (ДПФХ). Модель ДПФХ сконструирована на основе кристаллических структур холина и глицерофосфата с последующим достраиванием двух жирнокислотных остатков. Молекула ДПФХ была размножена и из полученных копий построена модель бислоя, содержащая 338 липидных молекул. Моделирование молекулярной динамики в водном окружении в течение 3,5 нс выполняли с оптимизированной структурой бислоя. Равновесие системы было достигнуто после 1,3 нс молекулярной динамики. Сопоставление ряда структурных параметров, рассчитанных из модели бислоя, с экспериментальными значениями показало их хорошее соответствие. С целью проверки возможности использования построенной модели бислоя для моделирования топологии мембранных белков в нее был встроен мембранный белок моноаминоксидаза А (МАО А), трехмерная структура и мембранная топология которого известны. Система, состоящая из липидного бислоя, белка и воды, оптимизирована с применением молекулярной динамики в течение 3,0 нс. Равновесная пространственная структура МАО А и её положение в мембране хорошо согласуются с кристаллической структурой этого фермента.
Загрузить PDF:
Цитирование:

Смолинская, Ю. Ю., Веселовский, А. В., Иванов, А. С. (2004). Полноатомная компьютерная модель бислойной мембраны с МАО A. Биомедицинская химия, 50(5), 451-459.
Список литературы  
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)