Ферменты, объединяемые в семейство цитохромов Р450 - семейства CYP51, катализируют деметилирование стероидных субстратов по положению 14-альфа. В отличие от остальных представителей надсемейства цитохромов Р450, члены семейства CYP51 встречаются во всех царствах живой природы, при этом сохраняя достаточно высокую консервативность. Поэтому предполагается, что именно семейство CYP51 является родоначальником всех современных форм цитохромов Р450. В ходе настоящего исследования при помощи кластерного анализа, множественного выравнивания и статистического метода выявления структурно-функциональных мотивов было проанализировано 36 полноразмерных последовательностей аминокислотных остатков представителей семейства стероловых деметилаз. Предложен статистический критерий, согласно которому наличие или отсутствие структурно-функциональных мотивов в консенсусной последовательности множественного выравнивания трактуется как информационное содержание. Поскольку множественное выравнивание зависит от группы выравниваемых последовательностей, а состав группы, в свою очередь, определяется топологией дендрограммы кластерного анализа, то информационное содержание позволяет также уточнять структуру дендограммы. Высоким информационным содержанием характеризовались консенсусные последовательности для следующих кластеров: деметилазы грибкового происхождения, ферменты животных + ферменты растений, ферменты растений + ферменты простейших и группа белков бактерий. Указанные группы использовались для получения консенсусной последовательности для всего семейства CYP51. В консенсусной последовательности семейства были выявлены статистически достоверные участки консервативности. Эти области (мотивы) совмещались с данными об элементах вторичной структуры и местах субстратного узнавания, установленных для CYP51 из Mycobacterium tuberculosis CYP51 (МТ). Выявлено 7 мотивов, являющихся, по-видимому, обязательными для каждого белка семейства CYP51. Для оценки роли каждого мотива в обеспечении специфичности реакции 14-альфа-деметилирования, вычислялась вероятность обнаружения мотивов в других цитохромах Р450, не входящих в семейство стероловых деметилаз. Некоторые из обнаруженных мотивов оказались абсолютно специфичны для стероловых 14-альфа-деметилаз, в то время как другие являлись общими для различных форм цитохромов Р450.
Лисица А.В. и др. Структурно-функциональные мотивы стероловых 14-альфа - деметилаз (CYP51) // Биомедицинская химия. - 2004. - Т. 50. -N 6. - С. 554-566.
Лисица А.В. и др., "Структурно-функциональные мотивы стероловых 14-альфа - деметилаз (CYP51)." Биомедицинская химия 50.6 (2004): 554-566.
Лисица, А. В., Гусев, С. А., Мирошниченко, Ю. В., Кузнецова, Г. П., Лазарев, В. Н., Скворцов, В. С., Карузина, И. И., Говорун, В. М., Арчаков, А. И. (2004). Структурно-функциональные мотивы стероловых 14-альфа - деметилаз (CYP51). Биомедицинская химия, 50(6), 554-566.
Список литературы
Nelson D., Koymans L., Kamataki Т., Stegeman J., Waxman D., Waterman M., Gotoh O., Coon M., Estabrook R., Gunsalus I., Nebert D. (1996) Pharmacogenetics, 6, 1- 42 '. Scholar google search
Lamb D., Kelly D., Manning N., Hollomon D., Kelly S. (1998) FEMS Microbiol Lett, 69, 369- 373. Scholar google search
