Вычислительные ресурсы кластеров и их применение в химических расчетах
Кузьминский М.Б.1 , Мендкович А.С.1
1. Институт органической химии РАН им. Н.Д. Зелинского (ИОХ РАН)
Раздел: Экспериментальные/клинические исследование
Год: 2004
Дан обзор основных технических характеристик кластеров Beowulf (как их узлов, так и межсоединения). Приведены данные о производительности, в т.ч. распараллеливании в этих кластерах задач квантовой химии и молекулярной динамики. Проведено тестирование серверов на базе 64-разрядных х86-совместимых микропроцессоров нового поколения - AMD Opteron и показана перспективность их применения в кластерах
Загрузить PDF:
Цитирование:
Кузьминский М.Б., Мендкович А.С. (2004) Вычислительные ресурсы кластеров и их применение в химических расчетах. Биомедицинская химия, 50(приложение 1), 101-116.
Кузьминский М.Б. и др. Вычислительные ресурсы кластеров и их применение в химических расчетах // Биомедицинская химия. - 2004. - Т. 50. -N приложение 1. - С. 101-116.
Кузьминский М.Б. и др., "Вычислительные ресурсы кластеров и их применение в химических расчетах." Биомедицинская химия 50.приложение 1 (2004): 101-116.
Кузьминский, М. Б., Мендкович, А. С. (2004). Вычислительные ресурсы кластеров и их применение в химических расчетах. Биомедицинская химия, 50(приложение 1), 101-116.
Список литературы
Танненбаум Э.(2002), Архитектура компьютера (пер. с англ.), Изд-во "Питер", М. Scholar google search
Столлингс У. (2002), Структурная организация и архитектура компьютерных систем (пер. с англ.), Изд-во "Вильямс", М. Scholar google search
Кузьминский М., Волков Д. (1995) , Открытые системы, 6, 33 - 40. Scholar google search
Кузьминский М., Мускатин А.(2001), Открытые системы, 7 - 8, 17 - 22. Scholar google search
Кузьминский М.Б., Мендкович А.С. и др. (2002), в: Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Сб. материалов II Международного научно-практического семинара, 26-29 ноября 2002 г., Изд-во ННГУ, Н. Новгород, с.169 - 174. Scholar google search
Корнеев В.В.(1999), Параллельные вычислительные системы, Изд-во Нолидж, М. Scholar google search
Андреев А., Воеводин В., Жуматий С. (2000), Открытые системы, 5 - 6, 9 - 14. Scholar google search
Guest M.F. "Performance of Various Computers in Computational Chemistry"(2000), Technical Report, Daresburgy Lab., Cheshire, UK. Scholar google search
SGI Computational Chemistry Applications Performance Report.Spring 2002 (2002), Silicon Graphics, Inc. Scholar google search
Немнюгин С., Стесик О. (2002) Параллельное программирование для многопроцесорных вычислительных систем, изд-во БХВ-Петербург, СПб. Scholar google search
SGI Computational Chemistry Applications Performance Report.Fall 2000 (2000), Silicon Graphics, Inc. Scholar google search
Gorb L.,Yanov I., Leszczynski J. (2000) Parallel Computing, 26, 1043 - 1060. Scholar google search
Hawick K.A., Grove D.A., Coddington P.D., Buntine M.A. (2000) Commodity Cluster Computing for Computational Chemistry, Technical Report DHPC-073, Adelaide Univ. (Australia) . Scholar google search
Gaussian 98, Revision A.11.3, Frisch M. J., Trucks G. W., Schlegel H. B., Scuseria G. E., Robb M. A., Cheeseman J. R., Zakrzewski V. G., Montgomery J. A., Stratmann R. E., Burant J. C., Dapprich S., Millam J. M., Daniels A. D., Kudin K. N., Strain M. C., Farkas O., Tomasi J., Barone V., Cossi M., Cammi R., Mennucci B., Pomelli C., Adamo C., Clifford S., Ochterski J., Petersson G. A., Ayala P. Y., Cui Q., Morokuma K., Malick D. K., Rabuck A. D., Raghavachari K., Foresman J. B., Cioslowski J., Ortiz J. V., Baboul A. G., Stefanov B. B., Liu G., Liashenko A., Piskorz P., Komaromi I., Gomperts R., Martin R. L., Fox D. J., Keith T., Al-Laham M. A., Peng C. Y., Nanayakkara A., Gonzalez C., Challacombe M., Gill P. M. W., Johnson B., Chen W., Wong M. W., Andres J. L., Gonzalez C., Head-Gordon M., Replogle E. S., and Pople J. A., Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 1998. Scholar google search
Schmidt M.W., Baldridge K.K., Boatz J.A., Elbert S.T., Gordon M.S., Jensen J.H., Koseki S., Matsunaga N., Nguyen K.A., Su S., Windus T.L., Dupuis M., Montgomery J.A.(1993), J. Comput. Chem.,14, 1347 - 1363. Scholar google search
