1. Челябинский государственный университет 2. Университет Тюбингена
Раздел: Экспериментальные/клинические исследование
Год: 2004
Предложен алгоритм DesPot для молекулярного 3D дизайна потенциальных биологически активных соединений. Алгоритм включает в себя процедуры генетической генерации новых молекулярных структур, оптимизации их геометрии с поиском глобального минимума и оценки биологической активности в рамках 3D-QSAR метода BiS. Для генерации молекулярных структур используется генетический алгоритм. Подход приводит к более быстрому достижению оптимума в ряде задач дискретной оптимизации. В качестве критерия оптимальности принята вероятность проявления соединением биологической активности. Для дизайна новых соединений используется выборка (популяция) соединений с известными показателями активности. Геометрия вновь полученных структур оптимизируется в силовом поле ММ3. Производится ориентация молекул в модельном рецепторе в рамках алгоритма BiS, рассчитываются характеристики взаимодействия и вероятность проявления биологической активности. Алгоритм тестирован на 40 видах биологической активности
Потемкин В.А. и др. Генетический алгоритм молекулярного 3D дизайна биологически активных соединений // Биомедицинская химия. - 2004. - Т. 50. -N приложение 1. - С. 42-48.
Потемкин В.А. и др., "Генетический алгоритм молекулярного 3D дизайна биологически активных соединений." Биомедицинская химия 50.приложение 1 (2004): 42-48.
Потемкин, В. А., Гришина, М. А., Пожиленкова, Г. В., Микушина, К. М., Лауфер, С. (2004). Генетический алгоритм молекулярного 3D дизайна биологически активных соединений. Биомедицинская химия, 50(приложение 1), 42-48.
Список литературы
Walters W.P., Stahl M.T., Murcko M.A. (1998) Drug Discovery Today, 1998, 3, 160 – 178. Scholar google search
Bohm H.J. (2001) in: Rational Approaches to Drug Design. Proceedings of the 13th European Symp. on Quantitative Structure-Activity Relationships, QSAR 2000 (H.-D. Holtje and W.Sippl eds.) Prous Science Publishers, Barcelona, 367 – 371. Scholar google search
Van Drie J.H., Lajiness M.S. (1998) Drug Discovery Today, 3, 274 – 283. Scholar google search
Potemkin V. A., Bartashevich E. V., Grishina M. A., Guccione S. (2001) in: Rational Approaches to Drug Design. Proceedings of the 13th European Symp. on Quantitative Structure-Activity Relationships, QSAR 2000 (H.-D. Holtje and W.Sippl eds.) Prous Science Publishers, Barcelona, 349 – 353. Scholar google search
Grishina M. A., Potemkin V. A., Rusinov G.L.,Bartashevich E. V., Guccione S., Perspicace S, Chupakhin O.N. (2002) Comparing a BiS (Biological Substrate Search) alignment of anticancer DNA and DNA/RNA antimetabolites into their active sites with .pdb co-crystals, “From Genes to Drugs via Crystallography”, 33rd crystallographic course at the E. Majorana Centre, Erice, Italy, 23 May – 2 June 2002. Book of Abstracts. Poster Absracts, 48. Scholar google search
Гришина М.А., Потемкин В.А., Арсламбеков Р.М., Белик А.В. (2002) Первая Национальная Конференция “Информационно-вычислительные технологии в решении фундаментальных научных проблем и прикладных задач химии, биологии, фармацевтики, медицины”. Тез. Докл.- Научный и учебный методический центр, М., 22 – 23. Scholar google search
