1. Челябинский государственный университет 2. Университет Тюбингена, Германия
Раздел: Экспериментальные/клинические исследование
Год: 2004
Предложена вычислительная технология анализа и прогноза биологической активности соединений, учитывающая конформационную подвижность как рецептора, так и молекулы лекарственного средства. Подход позволяет производить классификацию соединений в случае нескольких механизмов действия, производить ориентацию молекул в рецепторе, выявлять активные центры рецептора, находить уравнения связи биологической активности и параметров взаимодействия молекул с рецептором. Возможности использования подхода продемонстрированы на примере ингибиторов р38 МАР-киназы. В рамках предложенного подхода произведена классификация данных соединений по механизму действия. Выделены конформеры молекул, отвечающие за связывание лекарственного средства с рецептором. Определена ориентация таких конформеров в р38 МАР-киназе. Показано, что результат расчетной ориентации молекул в рецепторе хорошо согласуется с данными РСА. Выявлены активные центры рецептора, взаимодействие с которыми лекарственного средства приводит к блокировке рецептора. Получены уравнения взаимосвязи биологической активности с параметрами взаимодействия лекарственного средства с рецептором
Загрузить PDF:
Цитирование:
Гришина М.А., Потемкин В.А., Микушина К.М., Пожиленкова Г.В., Лауфер С. (2004) Комбинированный подход к анализу биологической активности соединений. Биомедицинская химия, 50(приложение 1), 68-76.
Гришина М.А. и др. Комбинированный подход к анализу биологической активности соединений // Биомедицинская химия. - 2004. - Т. 50. -N приложение 1. - С. 68-76.
Гришина М.А. и др., "Комбинированный подход к анализу биологической активности соединений." Биомедицинская химия 50.приложение 1 (2004): 68-76.
Гришина, М. А., Потемкин, В. А., Микушина, К. М., Пожиленкова, Г. В., Лауфер, С. (2004). Комбинированный подход к анализу биологической активности соединений. Биомедицинская химия, 50(приложение 1), 68-76.
Santagati M., Chen H.M., Santagati A., Modica M., Guccione S., Uccello Barretta G., Balzano F. (2000) in: Molecular modelling and prediction of bioactivity (K. Gundertofte & F.S. Jorgensen eds.) Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York, pp. 433-439. Scholar google search
Morris G.M., Goodsel D.S., Huey R., Olson A.J. (1996) J. Comput. Aided Mol. Des. 9, 1-5. Scholar google search
Rarey M., Kramer B., Lengauer T., Klebe G. (1996) J. Mol. Biol. 261, 470-489. Scholar google search
Grant J.A., Gallardo M.A., Pickup B.T. (1996) J. Comput. Chem. 17 (14), 1653 - 1666. Scholar google search
Cosgrove D.A., Bayada D.M., Johnson A.P. (2000) J. Comput.-Aided Mol. Design. 14, 573 - 591. Scholar google search
Bersuker I.B., Bahceci S., Boggs J.E., Pearlman R.S. (1999) J. Comput.-Aided Mol. Design. 13, 419-434. Scholar google search
Iwase K., Hirono S. J. (1999) Comput.-Aided Mol. Design. 13, 499-512. Scholar google search
Potemkin V. A., Bartashevich E. V., Grishina M. A., Guccione S. (2001) in: Rational Approaches to Drug Design. Proceedings of the 13th European Symp. on Quantitative Structure-Activity Relationships, QSAR 2000 (H.-D. Holtje and W.Sippl eds.) Prous Science Publishers, Barcelona, 349 – 353. Scholar google search
Mikuchina K., Potemkin V., Grishina M., Laufer S. (2002) Arch. Pharm. Pharm. Med. Chem., 335(1), C74. Scholar google search
Grishina M. A., Potemkin V. A., Rusinov G.L.,Bartashevich E. V., Guccione S., Perspicace S, Chupakhin O.N. (2002) in: “From Genes to Drugs via Crystallography”, 33rd crystallographic course at the E. Majorana Centre, Erice, Italy, 23 May – 2 June 2002. Book of Abstracts. Poster Absracts, 48. Scholar google search
Гришина М.А., Потемкин В.А., Арсламбеков Р.М., Белик А.В. (2002) Первая Национальная Конференция “Информационно-вычислительные технологии в решении фундаментальных научных проблем и прикладных задач химии, биологии, фармацевтики, медицины”. Тез. Докл., Научный и учебный методический центр, М., с. 22 – 23. Scholar google search
