Определение генотипа вируса гепатита С (ВГС) давно стало рутинной процедурой при лабораторной диагностики ВГС инфекции. Установление генотипа ВГС позволяет прогнозировать течение заболевания и назначить адекватный курс противовирусной терапии. В настоящее время на основании особенностей нуклеотидной последовательности 5'-нетранслируемой области вирусного генома выявлены 11 основных генотипов и более 70 подтипов ВГС. В России наиболее распространены генотипы вируса 1а, 1в, 2а, 3а, более редко встречаются 4 и 5 типы. Хотя "золотым стандартом" генотипирования является определение нуклеотидной последовательности, разработаны разнообразные тесты, включая гибридизацию с типоспецифичными зондами и типоспецифичную амплификацию, позволяющие проводить типирование ВГС более быстро и дешево. Тем не менее, все эти методы позволяют выявлять типоспецифичные контексты с определенной степенью достоверности и уступают по точности прямому определению нуклеотидной последовательности интересующих локусов вирусной РНК. Для типирования ВГС нами реализован принцип детекции типоспецифичных точечных мутаций в 5'-нетранслируемой области вирусного генома с использованием технологии минисеквенирования и определения молекулярных масс продуктов реакции на MALDI-TOF масс-спектрометре Reflex-IV ("Bruker Daltoniсs", Германия). Предложенный метод использован для типирования ВГС в 69 образцах, среди них 1а генотип выявлен в 4,5% случаях, 1в - 48%, 2а - 4,5%, 3а - 29%, 4 - 1,5%. В 9 (13%) образцах зарегистрирована микст-инфекция. Правильность установления генотипа с использованием технологии минисеквенирования и определения молекулярных масс продуктов реакции на времяпролетном масс-спектрометре подтверждена секвенирование анализируемого фрагмента кДНК ВГС.
Загрузить PDF:
Цитирование:
Ильина Е.Н., Малахова М.В., Генерозов Э.В., Говорун В.М., Арчаков А.И., Покровский В.И. (2005) Масс-спектрометрический анализ для типирования вируса гепатита C. Биомедицинская химия, 51(1), 41-47.
Ильина Е.Н. и др. Масс-спектрометрический анализ для типирования вируса гепатита C // Биомедицинская химия. - 2005. - Т. 51. -N 1. - С. 41-47.
Ильина Е.Н. и др., "Масс-спектрометрический анализ для типирования вируса гепатита C." Биомедицинская химия 51.1 (2005): 41-47.
Ильина, Е. Н., Малахова, М. В., Генерозов, Э. В., Говорун, В. М., Арчаков, А. И., Покровский, В. И. (2005). Масс-спектрометрический анализ для типирования вируса гепатита C. Биомедицинская химия, 51(1), 41-47.
Список литературы
Simmonds P., Alberti A., Alter H.J., Bonino H., Bradley D.W., Brechot С., Brouwer J.T., Chan S.W., Chayama K., Chen D.S.(1994) Hepatology, 19, 1321-1324. Scholar google search
Ильина Е.Н., Артемов Е.К., Говорун В.М., Иванова Л.М., Иваников И.О. (2002 ) Кремлевская Медицина Клинический вестник , №1, 38-4 1. Scholar google search
Hayashi J., Kishihara Y., Yoshimura E., Jam Y., Yamaji K., Ikematsu H., Ishiko H., Kashiwagi S. (1995) J. Infect, 30, 235-239. Scholar google search
Hayashi J., Ohmiya M., Kishihara Y., Tarn Y., Kinukawa N., Ikematsu H., Kashmagi S. (1994) The Amer J. Gastroenter, 89, 2151-2156. Scholar google search
Bukh J., Purcell R.H., Miller R.H. (1992) Proc Natl Acad Sci USA, 89, 4942-4946. Scholar google search
Bukh J., Purcell RH., Miller R.H. (1994) Proc NatlA cad Sci USA, 91, 8239-8243. Scholar google search
Chan S.W., McOmish E., Holmes E.C., Dow В., Peuhterer J.K., Follett E., Yap P.L., Simmonds P. (1992) J Gen Virol, 73, 1131-1141. Scholar google search
Davidson F., Simmonds P., Ferguson J.C., Jarvis L.M., Dow B.C., Follett E.A., Seed C.R., Krusius Т., Lin C., Medgyesi G.A. (1995) J. Gen Virol, 76, 1197-1204. Scholar google search
Okamoto H., Kojima M., Sakamoto M., Iizuka H., Hadiwandowo S., Suwignyo S., Miyakawa Y., Mayumi M. (1994) J Gen Virol, 75, 629-635. Scholar google search
Okamoto H., Sugiyama Y., Okada S., Kurai K., Akahane Y., Sugai Y., Tanaka T., Sato K., Tsuda P., Miyakawa Y. (1992) J Gen Virol, 73, 673-679. Scholar google search
Stuyver L., Rossau R., Wyseur A., Duhamel M., Vanderborght В., Heuverswyn H., Maertens G. (1993) J Gen Virol, 74, 1093-1102. Scholar google search
Lieu M., Erah M., Page S., Hillyard D., Wittwer С. (2004) J Clin Microbiol, 42, 158-163. Scholar google search
Storm N., Darnhofer-Demar В., vanden Boom D., Rodi C.P. (2002) Meth Mol Biol, 212, 241-262. Scholar google search
