Исследование взаимодействия цитохромов B5 с P450cam с помощью метода оптического биосенсора и компьютерного моделирования

   
Раченкова Н.И.1, Иванов Ю.Д.1 , Скворцов В.С.1, Иванов А.С.1, Мольнар А.А.1, Уи Бон Уа Г.2, Арчаков А.И.1

1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича РАМН
2. Institut de Biologie Physico Chimique
Раздел: Экспериментальные/клинические исследование
Идентификатор PubMed: 16342666
Год: 2005  том: 51  выпуск: 5  страницы: 501-512
С помощью оптического биосенсора исследовано в режиме реального времени образование и распад комплексов цитохрома Р450саm (Р450саm) с полноразмерным цитохромом Ь5 (d-b5) и его трипсиновым водорастворимым фрагментом (t-b5). Показано, что t-b5 может образовывать комплекс с Р450саm, в то время как d-b5 комплексов с Р450саm не образует. Показано участие аминогрупп Р450саm в комплексообразовании с t-b5. Измерена температурная зависимость образования комплексов t-b5im/P450cam в диапазоне 15-40°С. Константа скорости образования (kon) комплексов t-b5/P450cam растет с ростом температуры, а константа скорости распада комплексов не меняется. Сделан вывод о том, что гидрофобные взаимодействия играют ведущую роль в комплексе образовании на стадии их образования, а электростатические взаимодействия вносят существенный вклад в стабилизацию комплексов. Из полученных температурных зависимостей рассчитаны энергии активации реакций образования и распада комплексов, энтальпия и энтропия комплексообразования. Показан решающий вклад энтропийной составляющей в реакцию комплексообразования. Выполнено компьютерное моделирование белок-белковых взаимодействий в системах P450cam/t-b5 и P450cam/ d-b5. С помощью метода молекулярного докинга получены гипотезы белок-белковых комплексов и отобраны лучшие с точки зрения геометрической комплиментарное™, расчетной энергии взаимодействия и вероятности переноса электронов между белками. Компьютерное молекулярное моделирование показало, что стабильный комплекс может образовываться только в случае пары P450cam/t-b5, но не P450cam/d-b5. Согласно этим расчетам в образовании виртуального комплекса участвуют следующие аминокислотные остатки Р450саm: Q69, R72, Е73, Е76, R79, Н80, Р106, Q108, R109, R112, А113, N116, Q117, М121, Р122, D125, А283, Y305, R330, Q343, К344, Н347, Н352, G353, S354, L356, Q360, Н361, R364. Результаты моделирования хорошо согласуются с экспериментальными данными, полученными с помощью оптического биосенсора
Загрузить PDF:
Ключевые слова: цитохром P450сат, цитохром Б5, оптический биосенсор, трехмерная структура белка, белок-белковое взаимодействие, белок-белковое взаимодействие, молекулярный докинг
Цитирование:

Раченкова, Н. И., Иванов, Ю. Д., Скворцов, В. С., Иванов, А. С., Мольнар, А. А., Уи, Бон, Уа, Г., Арчаков, А. И. (2005). Исследование взаимодействия цитохромов B5 с P450cam с помощью метода оптического биосенсора и компьютерного моделирования. Биомедицинская химия, 51(5), 501-512.
Список литературы  
 2022 (том 68)
 2021 (том 67)
 2020 (том 66)
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)