Анализ области контакта субъединиц обратной транскриптазы ВИЧ

Белов Д.А.; Веселовский А.В.

Анализ области контакта субъединиц обратной транскриптазы ВИЧ

Белов Д.А.¹, Веселовский А.В.¹

1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН

Раздел: Экспериментальные/клинические исследование

Год: 2006 том: 52 выпуск: 1 страницы: 19-28

В работе выполнен молекулярно-графический анализ структуры и свойств области контакта субъединиц обратной транскриптазы ВИЧ. Показано, что аминокислотные остатки, образующие эту область, являются более консервативными по отношению к остальному белку. Расчет вклада аминокислотных остатков, образующих контактные области, в энергию взаимодействия субъединиц показал, что основная ее часть приходится на небольшое количество этих аминокислотных остатках ("hot spots"). Показано, что они группируются в кластеры на поверхности субъединиц, причем на субъединице р66 выделено два основных кластера, а на субъединице р51 - четыре. Анализ этих кластеров позволил выявить область на поверхности субъединицы р66 обратной транскриптазы ВИЧ, которая может быть перспективной для разработки ингибиторов димеризации этого фермента.

Загрузить PDF:

Ключевые слова: обратная транскриптаза, ВИЧ, компьютерное моделирование, димер, ингибиторы димеризации, энергия связывания, область контакта

Цитирование:

Белов, Д. А., Веселовский, А. В. (2006). Анализ области контакта субъединиц обратной транскриптазы ВИЧ. Биомедицинская химия, 52(1), 19-28.

Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»: 10.1134/S1990750807010027

Список литературы

DiMarzo V., Copel T.D., DeVico A.L., Rahman R., Oroszlan S., Gallo R.C., Sarngadharan M.G. (1986) Science, 231, 1289-1291. CrossRef Scholar google search
Lightfoote M.M., Coligan J.E., Folks T.M., Fauci A.S., Martin M.A., Venkatesan S. (1986) J. Virol., 60, 771-775. Scholar google search
Muller B., Restle T., Weiss S., Gautel M., Sczakiel G., Goody R.S. (1989) J. Biol. Chem., 264, 13975-13978. Scholar google search
Prasad V.R., Goff S. P. (1989) J. Biol. Chem., 264, 16689-16693. Scholar google search
Divita G., Rittinger K., Geourjon C., Deleage G., Goody R.S. (1995) J. Mol. Biol., 245, 508-521. Scholar google search
Ren J., Stammers D.K. (2005) Trends Pharmacol. Sci., 26, 4-7. Scholar google search
Archakov A.I., Govorun V.M., Dubanov A.V., Ivanov Y.D., Veselovsky A.V., Lewi P., Janssen P. (2003) Proteomics, 3, 380-391. Scholar google search
Veselovsky A.V., Ivanov Y.D., Ivanov A.S., Archakov A.I., Lewi P., Janssen P. (2002) J. Mol. Recognit., 15, 405-422. CrossRef Scholar google search
Arkin M.R., Wells J.A. (2004) Nat. Rev. Drug Discov., 3, 301-317. Scholar google search
Valdar W.S. Thornton J.M. (2001) Proteins, 42, 108-124. Scholar google search
Caffrey D.R., Somaroo S., Hughes J.D., Mintseris J., Huang E.S. (2004) Protein Sci., 13, 190-202. Scholar google search
Divita G., Restle T., Goody R.S., Chermann J.C., Baillon J.G. (1994) J. Biol. Chem., 269, 13080-13083. Scholar google search
Divita G., Baillon J.G., Rittinger K., Chermann J.C., Goody R.S. (1995) J. Biol. Chem., 270, 28642-28646. Scholar google search
Depollier J., Hourdou M.L., Drian-Herrada G., Rothwell P., Restle T., Divita G. (2005) Biochemistry, 44, 1909-1918. Scholar google search
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez . Scholar google search
Thompson J.D., Gibson T.J., Plewniak F., Jeanmougin F., Higgins D.G. (1997) Nucleic Acids Res., 25, 4876-4882. Scholar google search
Van Der Spoel D., Lindahl E., Hess B., Groenhof G., Mark A.E., Berendsen H.J. (2005) J. Comput. Chem., 26, 1701-1718. Scholar google search
Kortemme T., Kim D. E., Baker D. (2004) Sci. STKE. 2004, PL2. Scholar google search
SYBYL 6.9 Tripos Inc. 1699 South Hanley Road. St. Louis. Missouri. 63144. USA. Scholar google search
Bogan A.A., Thorn K.S. (1998) J. Mol. Biol., 280, 1-9. Scholar google search
Ma B., Elkayam T., Wolfson H., Nussinov R. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 100, 5772-5777. Scholar google search
Reichmann D., Rahat O., Albeck S., Meged R., Dym O., Schreiber G. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 57-62. Scholar google search
Mulky A., Sarafianos S.G., Jia Y., Arnold E., Kappes J.C. (2005) J. Mol. Biol., 349, 673-684. Scholar google search
Wapling J., Moore K.L., Sonza S., Mak J., Tachedjian G. (2005) J. Virol., 79, 10247-10257. Scholar google search
Camarasa M.J., Velazquez S., San-Felix A., Perez-Perez M.J. (2005) Antivir. Chem. Chemother., 16, 147-153. Scholar google search
Tachedjian G., Goff S.P. (2003) Curr. Opin. Investig. Drugs., 4, 966-973. Scholar google search
Balzarini J., Auwerx J., Rodriguez-Barrios F., Chedad A., Farkas V., Ceccherini-Silberstein F., Garcia-Aparicio C., Velazquez S., De Clercq E., Perno C.F., Camarasa M. J., Gago F. (2005) Mol. Pharmacol., 68, 49-60. Scholar google search

2024 (том 70)
2023 (том 69)
2022 (том 68)
2021 (том 67)
2020 (том 66)
2019 (том 65)
2018 (том 64)
2017 (том 63)
2016 (том 62)
2015 (том 61)
2014 (том 60)
2013 (том 59)
2012 (том 58)
2011 (том 57)
2010 (том 56)
2009 (том 55)
2008 (том 54)
2007 (том 53)
2006 (том 52)

Выпуск 6
Выпуск 5
Выпуск 4
Выпуск 3
Выпуск 2
Выпуск 1

2005 (том 51)
2004 (том 50)
2003 (том 49)

◄ ►