Методами компьютерного моделирования рассчитана (по данным спектроскопии ЯМР) конформация петли V3 белка gp120 HIV-RF - фрагмента, образующего основную антигенную детерминанту вируса, а также детерминанты клеточного тропизма и образования синцития. Определены элементы вторичной структуры петли V3 HIV-RF и конформационные состояния её нерегулярных участков. Путем сравнительного анализа расчетной структуры с конформацией гомологичного участка петли V3 белка gp120 HIV-Thailand идентифицированы структурные элементы, сохраняющиеся в двух штаммах вируса. Консервативные элементы структуры петли V3 HIV-1 рассматриваются как перспективные мишени для получения химически модифицированных форм этой петли с повышенной иммуногенностью и кросс-реактивностью нейтрализующих антител и создания на этой основе эффективных противовирусных препаратов.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: вирус иммунодефицита человека типа 1, белок gp120, петля V3, конформация, вторичная структура, компьютерное моделирование
Цитирование:
Андрианов А.М. (2006) Исследование конформационной гомологии петли V3 белка gp120 HIV-1. Структурный анализ вирусных штаммов HIV-RF и HIV-Thailand. Биомедицинская химия, 52(5), 448-457.
и др. Исследование конформационной гомологии петли V3 белка gp120 HIV-1. Структурный анализ вирусных штаммов HIV-RF и HIV-Thailand // Биомедицинская химия. - 2006. - Т. 52. -N 5. - С. 448-457.
и др., "Исследование конформационной гомологии петли V3 белка gp120 HIV-1. Структурный анализ вирусных штаммов HIV-RF и HIV-Thailand." Биомедицинская химия 52.5 (2006): 448-457.
Андрианов, А. М. (2006). Исследование конформационной гомологии петли V3 белка gp120 HIV-1. Структурный анализ вирусных штаммов HIV-RF и HIV-Thailand. Биомедицинская химия, 52(5), 448-457.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750807020035
Список литературы
Hartley O., Klasse P.J., Sattentau Q.J., Moore J.P. (2005) AIDS Res. Hum. Retroviruses., 21, 171-189. Scholar google search
Ivanoff L.A., Looney D.J., McDanal C., Morris J.F., Wong-Staat F., Lang A.J., Petteway S.R.Jr., Matthews T.J. (1991) AIDS Res. Hum. Retroviruses, 7, 595-603. CrossRef Scholar google search
Shioda T., Levy J.A., Cheng-Mayer C. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89, 9434-9438. Scholar google search
Sherman S.A., Andrianov A.M., Akhrem A.A. (1987) J. Biomol. Struct. Dynam., 4, 869-884. Scholar google search
Catasti P., Bradbury E.M., Gupta G. (1996) J. Biol. Chem., 271, 8236-8242. Scholar google search
Smith L.J., Bolin K.A., Schwalbe H., McArthur M.W., Thornton J.M., Dobson C.M. (1996) J. Mol. Biol., 255, 494-506. Scholar google search
Lewis P.N., Momany F.A., Scheraga H.A. (1973) Biochim. Biophys. Acta, 303, 211-229. Scholar google search
Sherman S.A., Johnson M.E. (1993) Prog. Biophys. Mol. Biol., 59, 285-339. Scholar google search
LaRosa G.J., Davide J.P., Weinhold K., Waterbury J.A., Profy A.T., Lewis J.A., Langlois A.J., Dressman G.R., Boswell R.N., Shadduk P., Holley L.H., Karplus M., Bolognesi D.P., Matthews T.J., Emini E.A., Putney S.D. (1990) Science, 249, 932-935. CrossRef Scholar google search
Sharon M., Kessler N., Levy R., Zolla-Pazner S., Gorlach M., Anglister J. (2003) Structure, 11, 225-236. Scholar google search
Stanfield R.L., Gorny M.K., Williams C., Zolla-Pazner S., Wilson I.A. (2004) Structure, 12, 193-204. Scholar google search
Huang C.C., Nang M., Zhang M.Y., Majeed S., Montabana E., Stanfield R.L., Dimitrov D.S., Korber B., Sodroski J., Wilson I.A., Wyatt R., Kwong P.D. (2005) Science, 310, 1025-1028. Scholar google search
McCaffrey R.A., Saunders C., Hensel M., Stamatatos L. (2004) J. Virol., 78, 3279-3295. Scholar google search
Li Y., Rey-Cuille M.A., Hu S.L. (2001) AIDS Res. Hum. Retroviruses, 17, 1473-1479. Scholar google search
Ghiara J.B., Stura E.A., Stanfield R.L., Profy A.T., Wilson I.A. (1994) Science, 264, 82-85. Scholar google search
de Parseval A., Bobardt M.D., Chatterji U., Elder J.H., David G., Zolla-Pazner S., Farzan M., Lee T.H., Gallay P.A. (2005) J. Biol. Chem., 280, 39493-39504. Scholar google search
Lusso P., Earl P.L., Sironi F., Santoro F., Ripamonti C., Scarlatti G., Longhi R., Berger E.A., Burastero S.E. (2005) J. Virol., 79, 6957-6968. Scholar google search
Wu Z., Golub E., Abrams W.R., Malamud D. (2004) AIDS Res. Hum. Retroviruses, 20, 600-607. Scholar google search
