С использованием магнитных микрочастиц ClinProt с обращенно-фазовой (MB-HIC 8 и MB-HIC 18), слабой катионообменной (MB-WCX) и металло-аффинной (MB-IMAC Cu) поверхностями из сыворотки крови человека выделяли фракции пептидов и белков для их последующего анализа MALDI-TOF-масс-спектрометрией. Протеомное профилирование сывороток крови практически здоровых женщин (47 субъектов, средний возраст 49 лет) и женщин с подтвержденным диагнозом рака яичника 1-4 стадии (47 пациентов, средний возраст 51 год) с использованием магнитных микрочастиц MB-WCX позволило построить наилучшие классификационные модели на основе генетического алгоритма и контролируемой нейронной сети со 100% чувствительностью и специфичностью при анализе тестовой выборки. Включение в математическую модель дополнительных сывороток крови больных колоректальным раком (19 образцов) и пациентов с язвенным колитом (5 образцов) подтвердило 100% распознавание рака яичника. Статистический анализ площадей вошедших в построенные классификационные модели масс-спектрометрических пиков позволил выявить 3 пика, характерных для рака яичника, и 4 пика, изменение площади которых связано как с раком яичника, так и с колоректальным раком.
Зиганшин Р.Х., Алексеев Д.Г., Арапиди Г.П., Иванов В.Т., Мошковский С.А., Говорун В.М. (2008) Протеомное профилирование сыворотки для диагностики рака яичника с использованием технологии магнитных гранул ClinProt и MALDI-TOF-масс-спектрометрии. Биомедицинская химия, 54(4), 408-419.
Зиганшин Р.Х. и др. Протеомное профилирование сыворотки для диагностики рака яичника с использованием технологии магнитных гранул ClinProt и MALDI-TOF-масс-спектрометрии // Биомедицинская химия. - 2008. - Т. 54. -N 4. - С. 408-419.
Зиганшин Р.Х. и др., "Протеомное профилирование сыворотки для диагностики рака яичника с использованием технологии магнитных гранул ClinProt и MALDI-TOF-масс-спектрометрии." Биомедицинская химия 54.4 (2008): 408-419.
Зиганшин, Р. Х., Алексеев, Д. Г., Арапиди, Г. П., Иванов, В. Т., Мошковский, С. А., Говорун, В. М. (2008). Протеомное профилирование сыворотки для диагностики рака яичника с использованием технологии магнитных гранул ClinProt и MALDI-TOF-масс-спектрометрии. Биомедицинская химия, 54(4), 408-419.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750808040021
Список литературы
Аксель Е.М., Давыдов М.И. (2002) Сборник "Злокачественные новообразования в России и странах СНГ в 2000", РОНЦ им. Н.Н. Блохина РАМН, Москва. Scholar google search
Posadas E.M., Simpkins F., Liotta L.A., MacDonald C., Kohn E.C. (2005) Ann. Oncol., 16, 16-22. Scholar google search
Bidart J.M., Thuillier F., Augereau C., Chalas J., Daver A., Jacob N., Labrousse F., Voitot H. (1999) Clin Chem., 45, 1695-1707. Scholar google search
Mor G., Visintin I., Lai Y., Zhao H., Schwartz P., Rutherford T., Yue L., Bray-Ward P., Ward D. C. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 7677-7682. Scholar google search
Anderson N. L., Anderson N. G. (2002) Mol. Cell Proteomics, 1, 845-867. Scholar google search
Merchant M., Weinberger S.R. (2000) Electrophoresis, 21, 1164-1177. Scholar google search
Su Y., Shen J., Qian H., Ma H., Ji J., Ma L., Zhang W., Meng L., Li Z., Wu J., Jin G., Zhang J., Shou C. (2007) Cancer Sci., 98, 37-43. Scholar google search
Smith F.M., Gallagher W.M., Fox E., Stephens R.B., Rexhepaj E., Petricoin E.F., 3rd, Liotta L., Kennedy M.J., Reynolds J.V. (2007) Ann. Surg., 245, 259-266. Scholar google search
Skytt A., Thysell E., Stattin P., Stenman U.H., Antti H., Wikstrom P. (2007) Int. J. Cancer, 121, 615-620. Scholar google search
Kanmura S., Uto H., Kusumoto K., Ishida Y., Hasuike S., Nagata K., Hayashi K., Ido A., Stuver S.O., Tsubouchi H. (2007) Hepatology, 45, 948-956. Scholar google search
Li J., Zhang Z., Rosenzweig J., Wang Y.Y., Chan D.W. (2002) Clin. Chem., 48, 1296-1304. Scholar google search
Zhou L., Cheng L., Tao L., Jia X., Lu Y., Liao P. (2006) Acta Otolaryngol., 126, 853-860. Scholar google search
Zheng G.X., Wang C.X., Qu X., Deng X.M., Deng B.P., Zhang J. (2006) Exp. Oncol., 28, 282-287. Scholar google search
Zhang H., Kong B., Qu X., Jia L., Deng B., Yang Q. (2006) Gynecol. Oncol., 102, 61-66. Scholar google search
Wang J.X., Yu J.K., Wang L., Liu Q.L., Zhang J., Zheng S. (2006) Proteomics, 6, 5344-5349. Scholar google search
de Noo M.E., Deelder A., van der Werff M., Ozalp A., Mertens B., Tollenaar R. (2006) Onkologie, 29, 501-506. Scholar google search
Ebert M.P., Niemeyer D., Deininger S.O., Wex T., Knippig C., Hoffmann J., Sauer J., Albrecht W., Malfertheiner P., Rocken C. (2006) J. Proteome Res., 5, 2152-2158. Scholar google search
Shin S., Cazares L., Schneider H., Mitchell S., Laronga C., Semmes O.J., Perry R.R., Drake R.R. (2007) J. Am. Coll. Surg., 204, 1065-1071. Scholar google search
Villanueva J., Philip J., Entenberg D., Chaparro C.A., Tanwar M.K., Holland E.C., Tempst P. (2004) Anal. Chem., 76, 1560-1570. CrossRef Scholar google search
Villanueva J., Philip J., Chaparro C.A., Li Y., Toledo-Crow R., DeNoyer L., Fleisher M., Robbins R.J., Tempst P. (2005) J. Proteome Res., 4, 1060-1072. Scholar google search
Lopez M.F., Mikulskis A., Kuzdzal S., Golenko E., Petricoin E.F., 3rd, Liotta L.A., Patton W.F., Whiteley G.R., Rosenblatt K., Gurnani P., Nandi A., Neill S., Cullen S., O`Gorman M., Sarracino D., Lynch C., Johnson A., McKenzie W., Fishman D. (2007) Clin. Chem., 53, 1067-1074. Scholar google search
Whiteaker J.R., Zhang H., Eng J.K., Fang R., Piening B.D., Feng L.C., Lorentzen T.D., Schoenherr R.M., Keane J.F., Holzman T., Fitzgibbon M., Lin C., Cooke K., Liu T., Camp D.G., 2nd, Anderson L., Watts J., Smith R.D., McIntosh M.W., Paulovich A.G. (2007) J. Proteome Res., 6, 828-836. Scholar google search
Holland J.H. (1975) Adaptation in Natural and Artificial Systems. University of Michigan Press, Ann Arbor. Scholar google search
Hammer B., Strickert M., Villmann T. (2005) Neural Processing Letters, 21, 21-44. Scholar google search
Anderson N. L., Anderson N. G. (2002) Mol. Cell Proteomics, 1, 845-867. Scholar google search
Tammen H., Schulte I., Hess R., Menzel C., Kellmann M., Mohring T., Schulz-Knappe P. (2005) Proteomics, 5, 3414-3422. Scholar google search
Hsieh S.Y., Chen R.K., Pan Y.H., Lee H.L. (2006) Proteomics, 6, 3189-3198. Scholar google search
Baumann S., Ceglarek U., Fiedler G.M., Lembcke J., Leichtle A., Thiery J. (2005) Clin. Chem., 51, 973-980. Scholar google search
Geho D.H., Liotta L.A., Petricoin E.F., Zhao W., Araujo R.P. (2006) Curr. Opin. Chem. Biol., 10, 50-55. Scholar google search
Lopez M.F., Mikulskis A., Kuzdzal S., Bennett D.A., Kelly J., Golenko E., DiCesare J., Denoyer E., Patton W.F., Ediger R., Sapp L., Ziegert T., Lynch C., Kramer S., Whiteley G.R., Wall M.R., Mannion D.P., Della Cioppa G., Rakitan J.S., Wolfe G.M. (2005) Clin. Chem., 51, 1946-1954. Scholar google search
