1. Государственное учреждение Научно-исследовательский институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН 2. Карлов Университет в Праге, факультет общей медицины, Институт патофизиологии
Раздел: Экспериментальные/клинические исследование
В работе рассматривается автоматический метод поиска дифференциально-экспрессирующихся белков (ДЭБ) в научных статьях по протеомике. Из электронной версии журнала "Proteomics" и открытого ресурса PubMedCentral были отобраны полнотекстовые публикации, посвященные различным протеомным исследованиям. В результате подсчета частот встречаемости названий белков в статьях получен список, на 86% совпадающий с ранее опубликованным в работе (Petrak et al., Proteomics (2008) 8, 1744) перечнем ДЭБ тканей человека. Независимо от целей экспериментального исследования и применявшегося аналитического метода анализа, различия в уровне экспрессии наблюдаются для белков семейств аннексинов, пероксиредоксинов, а также альфа-енолазы, триозофосфатизомеразы и HSP60. Среди опубликованных ДЭБ также присутствуют сывороточный альбумин, катепсин D и виментин. В статьях наиболее часто встречаются белки, участвующие в воспалении и формировании иммунного ответа, либо входящие в состав системы регуляции и передачи сигнала. Большинство из найденных белков изучаются в контексте исследования патогенеза онкологических заболеваний, болезней сердечно-сосудистой и нервной систем.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: протеомика, мета-анализ, анализ текстов, 2-DE, LС-MS/MS
Пономаренко Е.А. и др. Выявление дифференциально-экспрессирующихся белков с использованием автоматического мета-анализа протеомных публикаций // Биомедицинская химия. - 2009. - Т. 55. -N 1. - С. 5-14.
Пономаренко Е.А. и др., "Выявление дифференциально-экспрессирующихся белков с использованием автоматического мета-анализа протеомных публикаций." Биомедицинская химия 55.1 (2009): 5-14.
Пономаренко, Е. А., Лисица, А. В., Петрак, И., Мошковский, С. А., Арчаков, А. И. (2009). Выявление дифференциально-экспрессирующихся белков с использованием автоматического мета-анализа протеомных публикаций. Биомедицинская химия, 55(1), 5-14.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750809010028
