Обзор посвящен компьютерному поиску взаимосвязанных белков методами сравнительной геномики. Возрастающие возможности биотехнологий по секвенированию новых геномов привели к накоплению данных о последовательностях миллионов генов. Функции большинства этих генов неизвестны, и только для малой части кодируемых ими белков функция может быть определена в эксперименте. Возникает потребность в надежных и достоверных алгоритмах предсказания функций (аннотации) белков методами in silico. В обзоре описаны основные подходы сравнительной геномики, использующие как традиционный способ переноса функций на основании гомологии последовательностей, так и с использованием контекстных свойств генов (методы филогенетических профилей и метод генов-соседей). Применение современных методов сравнительной геномики позволяет получить корректные функциональные аннотации для более чем половины всех белков протеома.
Пятницкий М.А. и др. Предсказание взаимосвязанных белков методамисравнительной геномики in silico // Биомедицинская химия. - 2009. - Т. 55. -N 3. - С. 230-246.
Пятницкий М.А. и др., "Предсказание взаимосвязанных белков методамисравнительной геномики in silico." Биомедицинская химия 55.3 (2009): 230-246.
Пятницкий, М. А., Лисица, А. В., Арчаков, А. И. (2009). Предсказание взаимосвязанных белков методамисравнительной геномики in silico. Биомедицинская химия, 55(3), 230-246.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750809040015
Список литературы
Gavin A.C., Aloy P., Grandi P., Krause R., Boesche M., Marzioch M., Rau C., Jensen L.J., Bastuck S. et al. (2006) Nature, 440, 631-636. Scholar google search
Li S., Armstrong C.M., Bertin N., Ge H., Milstein S., Boxem M., Vidalain P.O., Han J.D., Chesneau A. et al. (2004) Science, 303, 540-543. CrossRef Scholar google search
Gabaldon T., Huynen M.A. (2004) Cell. Mol. Life Sci., 61, 930-944. Scholar google search
Huynen M.A., Snel B., von Mering C., Bork P. (2003) Curr. Opin. Cell. Biol., 15, 191-198. Scholar google search
Eisenberg D., Marcotte E.M., Xenarios I., Yeates T.O. (2000) Nature, 405, 823-826. Scholar google search
Marcotte E.M., Pellegrini M., Ng H.L., Rice D.W., Yeates T.O., Eisenberg D. (1999) Science, 285, 751-753. CrossRef Scholar google search
Ravasz E., Somera A.L., Mongru D.A., Oltvai Z.N., Barabasi A.L. (2002) Science, 297, 1551-1555. CrossRef Scholar google search
Wu J., Mellor J.C., DeLisi C. (2005) Genome Inform., 16, 142-149. Scholar google search
Altschul S.F., Madden T.L., Schaffer A.A., Zhang J., Zhang Z., Miller W., Lipman D.J. (1997) Nucleic Acids Res., 25, 3389-3402. Scholar google search
Gusfield D. (1997) Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, Cambridge, UK. Scholar google search
Mushegian A.R. (2007) Foundations of Comparative Genomics. Academic Press. Scholar google search
Campuzano V., Montermini L., Molto M.D., Pianese L., Cossee M., Cavalcanti F., Monros E., Rodius F., Duclos F., et al. (1996) Science, 271, 1423-1427. CrossRef Scholar google search
Huynen M.A., Snel B., Bork P., Gibson T.J. (2001) Hum. Mol. Genet., 10, 2463-2468. Scholar google search
Chen O.S., Hemenway S., Kaplan J. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 12321-12326. Scholar google search
Wu J., Kasif S., DeLisi C. (2003) Bioinformatics, 19, 1524-1530. Scholar google search
Loganantharaj R., Atwi M. (2007) BMC Bioinformatics, 8, Suppl. 7, S25. Scholar google search
Pagel P., Wong P., Frishman D. (2004) J. Mol. Biol, 344, 1331-1346. Scholar google search
Rodionov D.A., Gelfand M.S. (2005) Trends Genet., 21, 385-389. Scholar google search
Haft D.H., Paulsen I.T., Ward N., Selengut J.D. (2006) BMC Biol., 4, 29. Scholar google search
Li J.B., Gerdes J.M., Haycraft C.J., Fan Y., Teslovich T.M., May-Simera H., Li H., Blacque O.E., Li L. et al. (2004) Cell, 117, 541-552. Scholar google search
Huynen M.A., Diaz-Lazcoz Y., Bork P. (1997) Trends Genet., 13, 389-390. Scholar google search
Makarova K.S., Wolf Y.I., Koonin E.V. (2003) Trends Genet., 19, 172-176. Scholar google search
Morett E., Korbel J.O., Rajan E., Saab-Rincon G., Olvera L., Olvera M., Schmidt S., Snel B., Bork P. (2003) Nat. Biotechnol., 21, 790-795. Scholar google search
Negre B., Casillas S., Suzanne M., Sanchez-Herrero E., Akam M., Nefedov M., Barbadilla A., de Jong P., Ruiz A. (2005) Genome Res., 15, 692-700. Scholar google search
Han J.D., Dupuy D., Bertin N., Cusick M.E., Vidal M. (2005) Nat. Biotechnol., 23, 839-844. Scholar google search
Bader J.S., Chaudhuri A., Rothberg J.M., Chant J. (2004) Nat. Biotechnol., 22, 78-85. Scholar google search
Date S.V., Marcotte E.M. (2003) Nat. Biotechnol., 21, 1055-1062. Scholar google search
Ogata H., Goto S., Sato K., Fujibuchi W., Bono H., Kanehisa M. (1999) Nucleic Acids Res., 27, 29-34. Scholar google search
Ashburner M., Ball C.A., Blake J.A., Botstein D., Butler H., Cherry J.M., Davis A.P., Dolinski K., Dwight S.S. et al. (2000) Nat. Genet., 25, 25-29. Scholar google search
Schlicker A., Domingues F.S., Rahnenfuhrer J., Lengauer T. (2006) BMC Bioinformatics, 7, 302. Scholar google search
Strong M., Graeber T.G., Beeby M., Pellegrini M., Thompson M.J., Yeates T.O., Eisenberg D. (2003) Nucleic Acids Res., 31, 7099-7109. Scholar google search
Strong M., Mallick P., Pellegrini M., Thompson M.J., Eisenberg D. (2003) Genome Biol., 4, R59. Scholar google search
Bowers P.M., Pellegrini M., Thompson M.J., Fierro J., Yeates T.O., Eisenberg D. (2004) Genome Biol., 5, R35. Scholar google search
Mellor J.C., Yanai I., Clodfelter K.H., Mintseris J., DeLisi C. (2002) Nucleic Acids Res., 30, 306-309. Scholar google search
Date S.V., Marcotte E.M. (2005) Bioinformatics, 21, 2558-2559. Scholar google search
von Mering C., Jensen L.J., Kuhn M., Chaffron S., Doerks T., Kruger B., Snel B., Bork P. (2007) Nucleic Acids Res., 35, D358-D362. Scholar google search
