Сравнение алгоритмов предсказаний взаимосвязанных белков на примере метода филогенетических профилей

   
Пятницкий М.А.1 , Лисица А.В.1, Арчаков А.И.1

1. НИИ Биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН
Раздел: Экспериментальные/клинические исследование
Идентификатор PubMed: 20017387
Год: 2009  том: 55  выпуск: 5  страницы: 534-543
Задача вычислительной интерактомики заключается в предсказании функциональных взаимосвязей между белками. Одним из подходов к решению этой задачи средствами сравнительной геномики является анализ сходства филогенетических профилей белков. В отличие от большинства предложенных методов, позволяющих выявлять попарные взаимодействия, в работе рассматривается применение кластерного анализа для определения функциональных модулей, состоящих из нескольких белков. Проведен кластерный анализ филогенетических профилей белков E. coli с использованием нескольких методов кластерного анализа и различных способов оценки расстояния между профилями. Показано, что при оценке расстояния между профилями по формуле Хэмминга и кластеризации методом Уорда состав кластеров в наибольшей степени отвечает распределению белков по известным метаболическим путям. Предложенную методику оценки точности результатов предсказания взаимосвязанных белков предлагается применять для сопоставления различных алгоритмов вычислительной интерактомики.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: взаимосвязанные белки, кластерный анализ, филогенетические профили, интерактомика
Цитирование:

Пятницкий, М. А., Лисица, А. В., Арчаков, А. И. (2009). Сравнение алгоритмов предсказаний взаимосвязанных белков на примере метода филогенетических профилей. Биомедицинская химия, 55(5), 534-543.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750810010063
Список литературы  
 2021 (том 67)
 2020 (том 66)
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)