Задача вычислительной интерактомики заключается в предсказании функциональных взаимосвязей между белками. Одним из подходов к решению этой задачи средствами сравнительной геномики является анализ сходства филогенетических профилей белков. В отличие от большинства предложенных методов, позволяющих выявлять попарные взаимодействия, в работе рассматривается применение кластерного анализа для определения функциональных модулей, состоящих из нескольких белков. Проведен кластерный анализ филогенетических профилей белков E. coli с использованием нескольких методов кластерного анализа и различных способов оценки расстояния между профилями. Показано, что при оценке расстояния между профилями по формуле Хэмминга и кластеризации методом Уорда состав кластеров в наибольшей степени отвечает распределению белков по известным метаболическим путям. Предложенную методику оценки точности результатов предсказания взаимосвязанных белков предлагается применять для сопоставления различных алгоритмов вычислительной интерактомики.
Пятницкий М.А. и др. Сравнение алгоритмов предсказаний взаимосвязанных белков на примере метода филогенетических профилей // Биомедицинская химия. - 2009. - Т. 55. -N 5. - С. 534-543.
Пятницкий М.А. и др., "Сравнение алгоритмов предсказаний взаимосвязанных белков на примере метода филогенетических профилей." Биомедицинская химия 55.5 (2009): 534-543.
Пятницкий, М. А., Лисица, А. В., Арчаков, А. И. (2009). Сравнение алгоритмов предсказаний взаимосвязанных белков на примере метода филогенетических профилей. Биомедицинская химия, 55(5), 534-543.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750810010063
Список литературы
Pellegrini M., Marcotte E.M., Thompson M.J., Eisenberg D., Yeates T.O. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 4285-4288. Scholar google search
Overbeek R., Fonstein M., D`Souza M., Pusch G.D., Maltsev N. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 2896-2901. Scholar google search
Strong M., Graeber T.G., Beeby M., Pellegrini M., Thompson M.J., Yeates T.O., Eisenberg D. (2003) Nucleic Acids Res., 31, 7099-7109. Scholar google search
Wu J., Mellor J.C., DeLisi C. (2005) Genome Inform., 16, 142-149. Scholar google search
Marcotte E.M., Xenarios I., van Der Bliek A.M., Eisenberg D. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 12115-12120. Scholar google search
