На модели ДНК-аптамеров, селективно узнающих анион-связывающие экзосайты 1 и 2 тромбина показано, что их объединение в гетеродимерные аптамерные конструкции с помощью поли-(dT)-линкера длиной от 5 до 65 нуклеотидов (нт) приводит к усилению аффинности. При длинах линкера от 35 до 55 нт, значения кажущейся константы диссоциации, Kdapp, комплексов тромбина с гетеродимерными конструкциями, измеренные на оптическом биосенсоре Biacore-3000, достигали минимума (Kdapp =0,2-0,4 нМ) и были приблизительно в 30 раз меньше, чем для исходных аптамеров. Гетеродимерную фотоаптамерную конструкцию получали, соединяя фотоаптамерную и аптамерную последовательности с помощью поли-(dT)-линкера длиной 35 нт. Использовали фотоаптамер, способный к фотоиндуцированному ковалентному связыванию с экзосайтом 2 тромбина и аптамер, узнающий экзосайт 1. Значение Kdapp такой конструкции было приблизительно в 40 раз меньше, чем для фотоаптамера (5,3 и 190 нМ, соответственно). При облучении ультрафиолетовым излучением с длиной волны 308 нм эквимолярных смесей тромбина с гетеродимерной фотоаптамерной конструкцией, одинаковый выход необратимых комплексов достигался при значениях концентраций, которые были на два порядка ниже, чем в случае исходного фотоаптамера. Выявлено, что наряду с процессом образования необратимых комплексов с тромбином происходит фотоиндуцированная инактивация фотоаптамера, предположительно за счёт формирования внутримолекулярных сшивок.
Рахметова С.Ю., Радько С.П., Гнеденко О.В., Бодоев Н.В., Иванов А.С., Арчаков А.И. (2010) Гетеродимерные фотоаптамерные конструкции как новый подход к повышению эффективности формирования фотосшивок с белком-мишенью. Биомедицинская химия, 56(1), 72-81.
Рахметова С.Ю. и др. Гетеродимерные фотоаптамерные конструкции как новый подход к повышению эффективности формирования фотосшивок с белком-мишенью // Биомедицинская химия. - 2010. - Т. 56. -N 1. - С. 72-81.
Рахметова С.Ю. и др., "Гетеродимерные фотоаптамерные конструкции как новый подход к повышению эффективности формирования фотосшивок с белком-мишенью." Биомедицинская химия 56.1 (2010): 72-81.
Рахметова, С. Ю., Радько, С. П., Гнеденко, О. В., Бодоев, Н. В., Иванов, А. С., Арчаков, А. И. (2010). Гетеродимерные фотоаптамерные конструкции как новый подход к повышению эффективности формирования фотосшивок с белком-мишенью. Биомедицинская химия, 56(1), 72-81.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750810010099
