Цитохромы Р450 являются важными ферментами участвующими в метаболизме множества лекарств. От состава и активности этих ферментов во многом зависит распределение лекарств в организме, их фармакологический и токсический эффект. Поэтому предсказание судьбы соединений в организме является насущной задачей для разработки новых лекарственных препаратов уже на самых ранних их этапах. Разные изоформы цитохромы Р450 могут окислять разнообразные химические соединения, причем их субстратная специфичность не коррелирует с таксономической классификацией данного суперсемейства. В работе рассмотрены основные методы предсказания субстратной специфичности цитохромов Р450 in silico. Эти методы разделены в зависимости от первичной информации, используемой в анализе: предсказание на основе аминокислотных последовательностей, структур субстратов (фармакофорные, QSAR модели, экспертные системы) и пространственной структуры белка-мишени (метод молекулярного докинга, оценка энергии взаимодействия). Обсуждаются как общие причины сложности прогноза субстратной специфичности цитохромов Р450 с использованием компьютерных методов, так и преимущества и ограничения описанных подходов.
Веселовский А.В. и др. Компьютерные методы предсказания субстратной специфичности цитохромов P450 // Биомедицинская химия. - 2010. - Т. 56. -N 1. - С. 90-100.
Веселовский А.В. и др., "Компьютерные методы предсказания субстратной специфичности цитохромов P450." Биомедицинская химия 56.1 (2010): 90-100.
Веселовский, А. В., Соболев, Б. Н., Жаркова, М. С., Арчаков, А. И. (2010). Компьютерные методы предсказания субстратной специфичности цитохромов P450. Биомедицинская химия, 56(1), 90-100.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750810010105
Cruciani G., Carosati E., De Boeck B., Ethirajulu K., Mackie C., Howe T., Vianello R. (2005) J. Med. Chem., 48, 6970-6979. CrossRef Scholar google search
Дмитриев А.В. (2009) Прогноз взаимодействия ксенобиотиков с цитохромами Р450 человека. Автореф. дисс. канд. наук, ИБМХ РАМН, Москва. Scholar google search
de Graaf C., Oostenbrink C., Keizers P.H.J., van der Wijst T., Jongejan A., Vermeulen N.P.E. (2006) J. Med. Chem., 49, 2417-2430. CrossRef Scholar google search
Keizers P.H., de Graaf C., de Kanter F.J., Oostenbrink C., Feenstra K.A., Commandeur J.N., Vermeulen N.P. (2005) J. Med. Chem., 48, 6117-6127. CrossRef Scholar google search
