Характеризация олигонуклеотидов с LNA-мономерами для ПЦР-детекции точечных мутаций в геноме микобактерий туберкулеза

   
Лиманская O.Ю.1 , Фесенко Т.В.2, Покровский В.А.2, Мухина Т.Н.3, Степаншина В.Н.3, Шемякин И.Г.3, Лиманский А.П.4

1. ГУ "Институт микробиологии и иммунологии им. И.И. Мечникова АМН Украины"; Национальный научный центр "Институт экспериментальной и клинической ветеринарной медицины
2. Институт химии поверхности им. А.А.Чуйко НАН Украины
3. ФГУН Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
4. ГУ "Институт микробиологии и иммунологии им. И.И. Мечникова АМН Украины"
Раздел: Экспериментальное/клиническое исследование
DOI: 10.18097/pbmc20125802199      УДК: 579:579.873.2:615.015.8      Идентификатор PubMed: 22724359
Год: 2012  том: 58  выпуск: 2  страницы: 199-210
Для детекции точечных мутаций в кодоне 315 гена katG микобактерий туберкулеза (МБТ), ассоциированных с резистентностью к противотуберкулезному препарату первого ряда изониазиду (ИЗН), использовали стандартную полимеразную цепную реакцию (ПЦР) с праймерами, содержащими LNA-модифицированные нуклеотиды (LNA - locked nucleic acid, или замкнутая нуклеиновая кислота). Чистота и строение праймеров, содержащих 5 LNA-мономеров, длиной 17 нуклеотидов охарактеризованы времяпролетной масс-спектрометрией с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (МАЛДИ-TOF), а 17-мерный дуплекс, образованный двумя комплементарными олигонуклеотидами, - методом термической денатурации. Дуплекс, содержащий по пять LNA-мономеров в каждой нити, имеет гораздо более высокую температуру плавления, чем это следует из экстраполяции данных теоретических расчетов для модификации нуклеотидов одной нити дуплекса. Важным преимуществом олигонуклеотидов с LNA-мономерами по сравнению с немодифицированными является то, что для определения наличия любого из шести возможных вариантов мутаций в кодоне 315 гена katG, т.е. дифференциации чувствительных и резистентных МБТ к изониазиду, достаточной является постановка одной реакции с набором из двух праймеров с использованием одного LNA-модифицированного праймера в отличие от варианта мультиплексной ПЦР, для проведения которой понадобилось бы до 12 праймеров. Обсуждаются вопросы контроля степени модификации олигонуклеотидов LNA-мономерами.
Загрузить PDF:
Ссылка:

Лиманская O.Ю., Фесенко Т.В., Покровский В.А., Мухина Т.Н., Степаншина В.Н., Шемякин И.Г., Лиманский А.П. (2012) Биомедицинская химия, 58(2), 199-210.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750811020089
Список литературы  
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)