1. Федеральное государственное бюджетное учреждение “Институт биомедицинской химии” им. В.Н. Ореховича Российской академии медицинских наук 2. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук
Раздел: Экспериментальные/клинические исследование
По данным о 42 стероидах ряда прегна-D¢-пентаранов был построен набор моделей, предсказывающих аффинность лигандов к рецептору прогестерона. Наилучший результат (Q2=0,91) был получен при использовании комбинации методов молекулярного докинга, симуляции молекулярной динамики и искусственных нейронных сетей. Хорошая предсказательная сила этой модели была подтверждена на группе из 8 синтезированных отдельно и проверенных in vitro пентаранов (R2 тестирования равно 0,77). Эту модель можно использовать для определения степени сродства лиганда к рецептору и точного ранжирования соединений по связыванию.
Федюшкина И.В. и др. Молекулярный докинг и 3D-QSAR производных 16a,17a-циклоалканопрогестерона как лигандов рецептора прогестерона // Биомедицинская химия. - 2013. - Т. 59. -N 6. - С. 622-635.
Федюшкина И.В. и др., "Молекулярный докинг и 3D-QSAR производных 16a,17a-циклоалканопрогестерона как лигандов рецептора прогестерона." Биомедицинская химия 59.6 (2013): 622-635.
Федюшкина, И. В., Скворцов, В. С., Ромеро, Рейес, И. В., Левина, И. С. (2013). Молекулярный докинг и 3D-QSAR производных 16a,17a-циклоалканопрогестерона как лигандов рецептора прогестерона. Биомедицинская химия, 59(6), 622-635.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750814020048
Richmond N.J., Abrams C.A., Wolohan P.R., Abrahamian E., Willett P., Clark R.D. (2006) J. computer-aided molec. design, 20, 567-587. Scholar google search
Kuntz I.D., Blaney J.M., Oatley S.J., Langridge R., Ferrin T.E. (1982) J. Mol. Biol., 161, 269-288. CrossRef Scholar google search
Kollman P.A., Massova I., Reyes C., Kuhn B., Huo S., Chong L., Lee M., Lee T., Duan Y., Wang W., Donini O., Cieplak P., Srinivasan J., Case D.A., Cheatham T.E. 3rd (2000) Acc. Chem. Res., 33, 889-897. CrossRef Scholar google search
Case D.A., Darden T., Cheatham III T.E., Simmerling C., Wang J., Duke R.E., Luo R., Merz K.M., Pearlman D.A., Crowley M. (2006) University of California, San Francisco. Scholar google search
Romero Reyes I., Fedyushkina I., Skvortsov V., Filimonov D. (2013) Intern. J. Math. Models and Methods appl. sci., 7, 303-310. Scholar google search
