Химический необратимый фишинг низкокопийных белков
Иванов Ю.Д.1 , Даничев В.В.2 , Плешакова Т.О.1 , Шумов И.Д.1 , Зиборов В.С.3 , Крохин Н.В.1 , Загуменный М.Н.2 , Устинов В.С.2 , Смирнов Л.П.2 , Широнин А.В.1 , Арчаков А.И.1 1. Федеральное государственное бюджетное учреждение “Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н.Ореховича” Российской академии медицинских наук2. НИЦ “Курчатовский институт”3. Объединенный институт высоких температур РАН Раздел: Биоинформатика/Протеомика DOI: 10.18097/PBMC20146001028 Идентификатор PubMed: 24749246
Год: 2014 том: 60 выпуск : 1 страницы: 28-50 На основе атомно-силовой микроскопии (АСМ) разработан метод необратимого химического АСМ-фишинга (AСM-НФ ) для детекции белков в сверхнизких концентрациях в растворе. Используя этот метод, в растворе зарегистрирован белок пероксидаза хрена (HRP) c концентрацией 10 17 M. Предложена теоретическая модель, которая позволяет описать полученные экспериментальные данные. Эта модель учитывает доставку белка из объема измерительной кюветы на поверхность АСМ-чипа и его необратимое связывание в зоне активации.Загрузить PDF: Ключевые слова: АСМ-фишинг, АСМ-чип, низкокопийные белки
Цитирование:
APA
MLA
Стандарт БМХ
ГОСТ
Иванов Ю.Д., Даничев В.В., Плешакова Т.О., Шумов И.Д., Зиборов В.С., Крохин Н.В., Загуменный М.Н., Устинов В.С., Смирнов Л.П., Широнин А.В., Арчаков А.И. (2014) Химический необратимый фишинг низкокопийных белков. Биомедицинская химия, 60 (1), 28-50.
Иванов Ю.Д. и др. Химический необратимый фишинг низкокопийных белков // Биомедицинская химия. - 2014. - Т. 60. -N 1. - С. 28-50.
Иванов Ю.Д. и др., "Химический необратимый фишинг низкокопийных белков." Биомедицинская химия 60.1 (2014): 28-50.
Иванов, Ю. Д., Даничев, В. В., Плешакова, Т. О., Шумов, И. Д., Зиборов, В. С., Крохин, Н. В., Загуменный, М. Н., Устинов, В. С., Смирнов, Л. П., Широнин, А. В., Арчаков, А. И. (2014). Химический необратимый фишинг низкокопийных белков. Биомедицинская химия , 60(1), 28-50.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»: 10.1134/S1990750813010071
Список литературы Показать
Myszka D.G., He X., Dembo M., Morton Th.A., Goldstein B. (1998) Biophys. J., 75, 583-594. Scholar google search Schuck P. (1996) Biophys. J., 70, 1230-1249. Scholar google search Goyal D.K., Subramanian A. (2010) Thin Solid Films, 518, 2186-2193. Scholar google search Zubtsov D.A., Savvateeva E.N., Rubina A.Yu., Pun`kov S.V., Konovalova E.V., Moiseeva O.V., Chechetkin V.R., Zasedatelev A.S. (2007) Anal. Biochem., 368, 205-213. Scholar google search Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Eldarov M.A., Skryabin K.G., Lehnerer M., Schulze J., Hlavica P., Archakov A.I. (1997) Biochem. Mol. Biol. Int., 42, 731-737. Scholar google search Archakov A.I., Ivanov Yu.D. (1998) in: Biophysics of Electron Transfer and Molecular Bioelectronics. Plenum Press, USA, 173-196. Scholar google search Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Kuznetsov V.Yu., Lehnerer M., Schulze J., Hlavica P., Archakov A.I. (1999) Arch. Biochem. Biophys., 362(1), 87-93. Scholar google search Ivanov Yu.D., Usanov S.A., Archakov A.I. (1999) Biochem. Mol. Biol. Int., 47, 327-336. Scholar google search Koval V.V., Gnedenko O.V., Ivanov Yu.D., Fedorova O.S., Archakov A.I., Knorre D.G. (1999) IUBMB LIFE, 48, 317-320. Scholar google search Морозов С.Г., Иванов Ю.Д., Учайкин В.Ф., Каражас Н.В., Вахрушина С.В., Гнеденко О.В., Конев В.А., Ковалев О.Б., Арчаков А.И. (1999) Аллергия, астма и клиническая иммунология, 9, 187-189. Scholar google search Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Archakov A.I. (2000) Biochem. Biophys. Res. Commun., 273, 750-752. Scholar google search Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Karuzina I.P, Archakov A.I., Hui Bon Hoa G., Sligar S.G. (2001) J. of Inorg. Biochem., 391, 255-264. Scholar google search Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Karuzina I.P, Usanov S.A., Hui Bon Hoa G., Sligar S.G., Archakov A.I. (2001) J. of Inorg. Biochem., 87, 175-184. Scholar google search Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Gnedenko O.V., Pozdnev V.F., Shumyantseva V.V., Samenkova N.F., Kuznetsova G.P., Tereza A.M., Schmid R.D., Archakov A.I. (2001) J. Mol. Recognit., 14, 185-196. CrossRef Scholar google search Семенова Н.В., Иванов Ю.Д., Гнеденко О.В., Конев В.А., Ковалев О.Б., Учайкин В.Ф., Морозов С.Г., Арчаков А.И. (2001) Новости науки и техники. Аллергия, астма и клиническая иммунология, 1, 183-185. Scholar google search Иванов Ю.Д., Гнеденко О.В., Конев В.А., Ковалев О.Б., Николаева Л.И., Семенова Н.В., Учайкин В.Ф., Арчаков А.И. (2001) Вопр. мед. химии, 47, 419-425. Scholar google search Иванов Ю.Д., Панова Н.Г., Гнеденко О.В., Бунеева О.А,, Медведев А.Е., Арчаков А.И. (2002) Вопр. мед. химии, 48, 73-83. Scholar google search Дмитриев Д.А,, Массино Ю.С., Сегал О.Л., Смирнова М.Б., Павлова Е.В., Коляскина Г.И., Гуревич К.Г., Гнеденко О.В., Иванов Ю.Д., Арчаков А.И. Осипов А.П., Дмитриев А.Д., Егоров А.М. (2002) Биохимия, 67, 1643-1654. Scholar google search Dmitriev D.A., Massino Y.S., Segal O.L., Smirnova M.B., Pavlova E.V., Gurevich K.G., Gnedenko O.V., Ivanov Y.D., Kolyaskina G.I., Archakov A.I., Osipov A.P., Dmitriev A.D., Egorov A.M. (2002) J. Immunol. Methods, 261, 103-118. CrossRef Scholar google search Иванов Ю.Д., Гнеденко О.В., Николаева Л.И., Конев В.А., Ковалев О.Б., Учайкин В.Ф., Говорун В.М., Покровский В.И., Арчаков А.И. (2003) Журн. Микробиол., №2, 58-62. Scholar google search Momynaliev K.T., Govorun V.M., Gnedenko O.V., Ivanov Yu.D., Archakov A.I. (2003) J. Mol. Recognit., 16, 1-8. Scholar google search Раченкова Н.И., Иванов Ю.Д., Скворцов В.С., Иванов А.С., Молнар А.А., Уи Бон Уа Г., Арчаков А.И. (2005) Биомед. химия, 51, 501-512. Scholar google search Раченкова Н.И., Иванов Ю.Д., Молнар А.А., Арчаков А.И. (2005) Биомед. химия, 51(6), 617-623. Scholar google search Иванов Ю.Д., Иванов А.В., Петушкова Н.А., Гара О.Г., Кузнецов В.Ю., Подоплелов А.В., Арчаков А.И. (2008) Биомед. химия, 54, 435-444. Scholar google search Ivanov Yu.D., Govorun V.M., Bykov V.A., Archakov A.I. (2006) Proteomics, 6, 1399-1414. CrossRef Scholar google search Gaster R.S., Xu L., Han S.-J., Wilson R.J., Hall D.A., Osterfeld S.J., Yu H., Wang S.X. (2011) Nat. Nanotechnol., 6, 314-320. Scholar google search Archakov A.I., Ivanov Y.D., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. (2007) Proteomics, 7, 4-9. CrossRef Scholar google search Archakov A.I., Ivanov Y.D., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. (2009) Proteomics, 9, 1326-1343. CrossRef Scholar google search Snyder M. (2011) Encode the Human Parts List, in: HUPO 2011 – 10th World Congress. HPP Plenary Session. Scholar google search Иванов Ю.Д., Учайкин В.Ф., Плешакова Т.О., Французов П.А., Светлов С.К., Конев В.А., Ковалев О.Б., Ястребова О.Н., Свешников П.Г., Уланова Т.И., Арчаков А.И. (2006) Физиол. и патол. иммун. сист., 10, №12, 11-14. Scholar google search Кайшева А.Л., Иванов Ю.Д., Згода В.Г., Французов П.А., Плешакова Т.О., Крохин Н.В., Зиборов В.С., Арчаков А.И. (2010) Биомед. химия, 56, 26-39. CrossRef Scholar google search Dexlin-Melby L., Sandstrom A., Antberg L., Gumarsson J., Hansson S.R., Borrebaeck C.A.K., Wingren C. (2011) Proteomics, 11, 1550-1554. Scholar google search Stern E., Vacic A., Rajan N.K., Criccione J.M., Park J., Ilic B.R., Mooney D.J., Reed M.A., Fahmy T.M. (2010) Nat. Nanotechnol., 5, 138-142. Scholar google search Zheng G., Gao X.P.A., Lieber C.M. (2010) Nano Lett., 10, 3179-3183. Scholar google search Kiselyova O.I., Yaminsky I.V., Ivanov Yu.D., Kanaeva I.P., Kuznetsov V.Yu., Archakov A.I. (1999) Arch. Biochem. Biophys, 371, 1-7. Scholar google search Kuznetsov V.Yu., Ivanov Yu.D., Bykov V.A., Saunin S.A., Fedorov I.A., Lemeshko S.V., Hui Bon Hoa, Archakov A.I. (2002) Proteomics, 2, 1699-1705. Scholar google search Archakov A.I., Ivanov Y.D. (2002) Methods Enzymol., 357, 94-103. Scholar google search Kuznetsov V.Yu., Ivanov Yu.D., Archakov A.I. (2004) Proteomics, 4, 2390-2396. CrossRef Scholar google search Archakov A.I., Ivanov Yu.D. (2007) Mol. Biosyst., 3, 336-342. Scholar google search Medvedeva N.V., Ipatova O.M., Ivanov Yu.D., Drozhzhin A.I., Archakov A.I. (2007) Biochemistry (Moscow) Suppl. Series B: Biomedical Chemistry, 1, 114-124. Scholar google search Ivanov Y.D., Frantsuzov P.A., Ivanov A.V., Bykov V.A., Besedin S., Hui Bon Hoa, Archakov A.I. (2010) Anal. Methods, 2, 688-693. CrossRef Scholar google search Ivanov Y.D., Frantsuzov P.A., Zöllner A, Medvedeva N.V., Archakov A.I., Reinle W., Bernhardt R. (2011) Nanoscale Res. Lett., 6, 54. Scholar google search Лиманская Л.А., Лиманский А.П. (2006) Биоорган. химия, 32, 1-17. Scholar google search Vijayendran R.A., Ligler F.S., Leckband D.E. (1999) Anal. Chem., 71, 5405-5412. CrossRef Scholar google search Ramsden J.J., Bachmanova G.I., Archakov A.I. (1996) Biosens. Bioelectron., 11(5), 523-528. CrossRef Scholar google search Левич В.Г. (1959) Физико-химическая гидродинамика, Гос. Изд-во физико-математической литературы, М. Scholar google search Zheng G., Patolsky F., Cui Y., Wang W.U., Lieber C.M. (2005) Nature Biotechnol., 23, 1294-1301. CrossRef Scholar google search Kim A. et al. (2007) Appl. Phys. Lett., 91, 103901. CrossRef Scholar google search Cai D., Ren L., Zhao H., Xu C., Zhang L., Yu Y., Wang H., Lan Y., Roberts M.F., Chuang J.H., Naughton M.J., Ren Z., Chiles T.C. (2010) Nat. Nanotechnol., 5, 597-601. CrossRef Scholar google search Hermanson G.T. (2008) Bioconjugate Techniques, Acad. Press, 2008, 1060 p. Scholar google search Mattson G., Conklin E., Desai S., Nielander G., (1993) Mol. Boil. Reports, 17, 167-183. CrossRef Scholar google search Иванов Ю.Д., Бухарина Н.С., Французов П.А., Плешакова Т.О., Мунро А.В., Хуэй Бон Хоа Г., Арчаков А.И. (2010) Нанотехнологии и охрана здоровья, II(1), 30-35. Scholar google search Braga P.C., Ricci D. (2003) Methods in Molecular Biology, 242, Atomic Force Microscopy. BiologyBiomedical Methods and Applications. Humana Press, NJ, 382 p. CrossRef Scholar google search Huff J., Lynch M.P., Nettikadan S., Johnson J.C. (2004) J. Biol. Screening, 9, 491-497. CrossRef Scholar google search Ramacviciene A., Snitka V., Mieliauskiene R., Ramanavicius A. (2006) Cent. Eur. J. Chem., 4(1), 194-206. Scholar google search Медведева Н.В., Ипатова O.M., Иванов Ю.Д., Дрожжин A.И., Арчаков A.И. (2006) Биомед. химия, 52, 529-546. Scholar google search Archakov A.I., Ivanov Yu.D. (2011) Biochim. Biophys. Acta, 1814, 102-110. CrossRef Scholar google search Calabro M.A., Katz J.T., Holloway P.W. (1976) J. Biol. Chem., 251, 2113-2118. Scholar google search Green N.M. (1964) Biochem. J., 92, 16C-17C. CrossRef Scholar google search Haifeng L., Yuwen L., Xiaomin C., Zhiyong W., Cunxin W. (2008) J. Therm. Anal. Calorim., 93, 569–574. CrossRef Scholar google search Davies P.S., Rennke H.G., Cotran R.S. (1981) J. Cell. Sci., 49, 69-86. Scholar google search Haniu M., Armes L.G., Yasunobu K.T., Shastry B.A., Gunsalus I.C. (1982) J. Biol. Chem., 257, 12664-12671. Scholar google search Chu J.-W., Kimura T. (1973) J. Biol. Chem., 248, 2089-2094. Scholar google search Unger B.P., Gunsalus I.C., Sligar S.G. (1986) J. Biol. Chem., 261, 1158-1163. Scholar google search Bussolati G., Gugliotta P. (1983) J. Histochem. Cytochem., 31, 1419-1421. Scholar google search Xialing C., Lin M. (2009) J. Biochem. Tech., 1, 92-95. Scholar google search Лойцянский Л.Г. (1978) Механика жидкости и газа, Наука, М. Scholar google search Даничев В.В., Загуменный М.Н., Смирнов Л.П. (2006) Труды Четвёртой Российской национальной конференции по теплообмену, 3, Издательский дом МЭИ, М., c. 219-222. Scholar google search Патанкар С. (1984) Численные методы решения задач теплообмена и динамики жидкости, Энергоатомиздат, М. Scholar google search Wu H., Patterson G.K. (1989) Chem. Eng. Sci., 44, 2207-2221. Scholar google search Даничев В.В., Загуменный М.Н., Карташева Е.Л., Федюшкин А.И. (2005) Труды Второй Российской конференции “Тепломассообмен и гидродинамика в закрученных потоках”, 15-17 марта 2005 г. Москва, МЭИ (электронный ресурс). Scholar google search Лапин Ю.В., Гарбарук А.В., Стрелец М.Х. (2004) Научно-технические ведомости, 2, 1-31. Scholar google search Пригожин И., Дефэй Р. (1966) Химическая термодинамика (пер. с англ.), Наука, Новосибирск. Scholar google search