1. Институт физико-химической медицины ФМБА, Москва; Казанский (Приволжский) федеральный университет, Казань; Московский физико-технический университет, Москва 2. Институт физико-химической медицины ФМБА, Москва; Казанский (Приволжский) федеральный университет, Казань 3. Институт физико-химической медицины ФМБА
Проведено сравнительное сопоставление семи различных способов выделения тотальной ДНК из образца кала, рекомендуемых в протоколах метагеномного анализа состава микробиоты кишечника человека. Исследована вариабельность относительного содержания в таких образцах ДНК человека, регистрируемого по результатам высокопроизводительного секвенирования с использованием генетического анализатора SOLiD 4. Показано, что масса взятого в обработку первичного материала и методика, реализуемая для выделения тотальной ДНК, не оказывают существенного влияния на конечную величину относительной доли ДНК человека, которая не превышает 1% для здоровой популяции. Продемонстрированная инвариантность этого показателя позволяет расценивать его повышение при метагеномном анализе как один из потенциальных маркеров воспалительных заболеваний кишечника.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: метагеномный анализ, секвенирование фрагментных библиотек, выделение ДНК из кала
Дополнительные материалы:
Цитирование:
Кострюкова Е.С., Карпова И.Ю., Ларин А.К., Попенко А.С., Тяхт А.В., Ильина Е.Н. (2014) Вариабельность относительного содержания геномной ДНК человека при метагеномном анализе микробиоты кишечника. Биомедицинская химия, 60(6), 695-701.
Кострюкова Е.С. и др. Вариабельность относительного содержания геномной ДНК человека при метагеномном анализе микробиоты кишечника // Биомедицинская химия. - 2014. - Т. 60. -N 6. - С. 695-701.
Кострюкова Е.С. и др., "Вариабельность относительного содержания геномной ДНК человека при метагеномном анализе микробиоты кишечника." Биомедицинская химия 60.6 (2014): 695-701.
Кострюкова, Е. С., Карпова, И. Ю., Ларин, А. К., Попенко, А. С., Тяхт, А. В., Ильина, Е. Н. (2014). Вариабельность относительного содержания геномной ДНК человека при метагеномном анализе микробиоты кишечника. Биомедицинская химия, 60(6), 695-701.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750815030038
Список литературы
Arumugam M., Raes J., Pelletier E., Le Paslier D., Yamada T., Mende D.R., Fernandes G.R., Tap J. et al. (2011) Nature, 473, 174-180. CrossRef Scholar google search
Qin J., Li R., Raes J., Arumugam M., Burgdorf K.S., Manichanh C., Nielsen T., Pons N., Levenez F. et al. (2010) Nature, 464, 59-65. CrossRef Scholar google search
Qin J., Li Y., Cai Z., Li S., Zhu J., Zhang F., Liang S., Zhang W., Guan Y. et al. (2012) Nature, 490, 55-60. CrossRef Scholar google search
Turnbaugh P.J., Hamady M., Yatsunenko T., Cantarel B.L., Duncan A., Ley R.E., Sogin M.L., Jones W.J. et al. (2009) Nature, 457, 480-484. CrossRef Scholar google search
Yatsunenko T., Rey F.E., Manary M.J., Trehan I., Dominguez-Bello M.G., Contreras M., Magris M., Hidalgo G. et al. (2012) Nature, 486, 222-227. Scholar google search
Kurokawa K., Itoh T., Kuwahara T., Oshima K., Toh H., Toyoda A., Takami H., Morita H. et al. (2007) DNA Res., 14, 169-181. CrossRef Scholar google search
Tyakht A.V., Kostryukova E.S., Popenko A.S., Belenikin M.S., Pavlenko A.V., Larin A.K., Karpova I.Y., Selezneva O.V. et al. (2013) Nat. Commun., 4, 2469. CrossRef Scholar google search
Yang J.L., Wang M.S., Cheng A.C., Pan K.C., Li C.F., Deng S.X. (2008) World J. Gastroenterol., 14, 2872-2876. CrossRef Scholar google search
