Рассмотрена возможность отбора перспективных пептидов, использующихся для детекции и количественного определения белков в направленной масс-спектрометрии методом положительной электроспрейной ионизации. В основе данного метода лежит предсказание интенсивности масс-спектрометрических пиков с использованием линейно-регрессионной модели. Данный метод имеет априорные ограничения: предварительный отбор пептидов должен быть организован таким образом, чтобы при pH=2,5 выбранные пептиды должны быть в основном представлены ионами 2+ и 3+. Рассматриваются только пептиды, имеющие на С-конце остатки аргинина или лизина. В качестве независимых переменных используются аминокислотный состав пептида, концентрация пептида и отношение площадей полярных поверхностей полярных объёмов к общим. Из нескольких рассмотренных комбинаций переменных лучшая линейно-регрессионная модель имеет коэффициент детерминации при скользящем контроле 0,54. Модель уверено отличает пептиды с высокой степенью ответа от пептидов с низкой степенью ответа, и если отобранных по простым критериям пептидов слишком много, позволяет отобрать только самые перспективные. Данный способ фильтрации, простой и быстрый, может быть с успехом применён для сокращения списка наблюдаемых пептидов.
Рыбина А.В., Скворцов В.С., Копылов А.Т., Згода В.Г. (2014) Простой метод оценки вероятности детекции пептида при масс-спектрометрии с электроспрейной ионизацией. Биомедицинская химия, 60(6), 707-712.
Рыбина А.В. и др. Простой метод оценки вероятности детекции пептида при масс-спектрометрии с электроспрейной ионизацией // Биомедицинская химия. - 2014. - Т. 60. -N 6. - С. 707-712.
Рыбина А.В. и др., "Простой метод оценки вероятности детекции пептида при масс-спектрометрии с электроспрейной ионизацией." Биомедицинская химия 60.6 (2014): 707-712.
Рыбина, А. В., Скворцов, В. С., Копылов, А. Т., Згода, В. Г. (2014). Простой метод оценки вероятности детекции пептида при масс-спектрометрии с электроспрейной ионизацией. Биомедицинская химия, 60(6), 707-712.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750815040046
Список литературы
Guevremont R., Siu K.W.M., Le Blanc J.C.Y., Berman S.S. (1992) J. Am. Soc. Mass Spectrom., 3, 216-224. CrossRef Scholar google search
Braisted J.C., Kuntumalla S., Vogel C., Marcotte E.M., Rodrigues A.R., Wang R., Pieper R. (2008) BMC Bioinformatics, 9, 529. CrossRef Scholar google search
Jin S. (2007) Integrated Data Modeling in Highthroughput Proteomices, Doctoral dissertation, Washington StateUniversity. ISBN: 978-0-549-47388-6. Scholar google search
Noyce A.B., Smith R., Dalgleish J., Taylor R.M., Erb K.C., Okuda N., Prince, J.T. (2013) J. Proteome Res., 12, 5742-5749. CrossRef Scholar google search
